Najznačajniji, posljednji i najbolje očuvani hram u Pestumu je takozvani Neptunov hram, iako je gotovo sigurno bio posvećen, kao i Bazilika, Hera. Ovaj hram je od samog početka prepoznat kao najznačajniji od svih hramova, pa je u XVIII stoljeću pretpostavljeno da je posvećen zaštitniku grada koji je bio Posejdon, bog mora. Izvorni grčki naziv Pestuma bio je Poseidonia, a rani kovanice imaju Poseidonovu sliku: Pestum je zapravo rimski naziv mjesta. Poseidonia je grad Poseidona, čiji je latinski ekvivalent Neptun, pa je stoga nazvan Neptunov hram. Inicijacija je gotovo sigurno pogrešna, budući da su Terakote zavjetne figurice pronađene u svetištu pokazuju ženske vrste koje se obično identificiraju kao Hera. Tu je i srebrno jelo s natpisom koji glasi :" Ja sam svećenik here: ojačajte naše lukove."
