Den fornemste, den sidste, og bedst bevarede af templer på Paestum er den såkaldte tempel Neptun, selvom det var næsten helt sikkert dedikeret, ligesom basilikaen, til Hera. Dette blev anerkendt fra den første, som er den største af alle templerne, og det blev derfor antaget, i det attende århundrede, at det må have været dedikeret til protektor gud af byen, der var Poseidon, gud havet. Det oprindelige græske navn for Paestum var Poseidonia, og de tidlige mønter har billedet af Poseidon: Paestum er faktisk det romerske navn på stedet. Poseidonia er byen Poseidon hvis latinske ækvivalent er Neptun og derfor blev opkaldt templet Neptun. Indvielsen er næsten helt sikkert forkert, da terracotta votive figurer, der findes i Helligdommen, viser kvindelige typer, der normalt identificeres som Hera. Der er også en indskrevet Sølvfad, der erklærer 'Jeg er hellig for Hera: styrke vores buer'.
