Wewnątrz Cytadeli można również zwiedzić Pałac Haremowy Muhammada Ali. Muzeum Pałacu Księcia Muhammada Ali w Manialu jest jednym z najpiękniejszych i najważniejszych muzeów historycznych w Egipcie. Muzeum eksponuje ważny okres w historii współczesnego Egiptu i charakteryzuje się swoją architekturą. Jego nowoczesny styl islamski łączy się z elementami perskimi i mameluckimi. Inspirowany był również motywami syryjskimi, marokańskimi i andaluzyjskimi, a także stylem osmańskim. W ten sposób budynek harmonizuje między wieloma islamskimi tradycjami architektonicznymi.
Pałac księcia Muhammada Ali Tawfika powstał w latach 1319- 1348 AH/ 1900-1929 AD i składa się z zewnętrznego muru, który otacza wejście do pałacu. Wewnątrz murów znajduje się pałac recepcyjny, wieża zegarowa, Sabil, meczet, muzeum myśliwskie, pomieszczenia mieszkalne, sala tronowa, prywatne muzeum i złota sala, oprócz wspaniałego ogrodu otaczającego pałac. Pałac Recepcyjny jest pierwszą rzeczą, którą widać po wejściu do pałacu. Jego wielkie sale ozdobione bogato kafelkami, żyrandolami i rzeźbionymi sufitami były przeznaczone do przyjmowania prestiżowych gości, takich jak słynny francuski kompozytor Camille Saint-Saëns, który wykonywał prywatne koncerty i skomponował niektóre ze swoich utworów w pałacu, w tym Koncert fortepianowy nr. 5 zatytułowany "The Egyptian". W Sali Recepcyjnej znajdują się rzadkie antyki, w tym dywany, meble i zdobione stoły arabskie. Mówi się, że książę miał zespół, którego zadaniem było wyszukiwanie rzadkich artefaktów i przynoszenie ich do niego, aby wystawić je w swoim pałacu i muzeum.
Pałac składa się z dwóch pięter. Pierwsze zawiera salę honorową do przyjmowania mężów stanu i ambasadorów, a także salę przyjęć dla starszych czcicieli, aby usiąść z księciem przed piątkowymi modlitwami każdego tygodnia, a górne obejmuje dwie duże sale, z których jedna została zaprojektowana w stylu marokańskim, gdzie jej ściany zostały pokryte lustrami i płytkami fajansowymi, podczas gdy druga sala została zaprojektowana w stylu lewantyńskim, gdzie ściany są pokryte drewnem z kolorowymi motywami geometrycznymi i kwiatowymi z pismami koranicznymi i wersetami poezji.
Pałac mieszkalny jest równie imponujący, a jednym z najbardziej wykwintnych elementów jest tam łóżko wykonane z 850 kg czystego srebra, które należało do matki księcia. Jest to główny pałac i pierwszy budynek, który został zbudowany. Składa się on z dwóch pięter połączonych drabiną. Na pierwszym piętrze znajduje się foyer z fontanną, haramlik, sala lustrzana, niebieski salon, salon z muszelkami, Shekma, jadalnia, sala kominkowa oraz biuro i biblioteka księcia. Najciekawszym pomieszczeniem jest chyba Salon Niebieski, w którym skórzane sofy opierają się o ściany ozdobione niebieskimi fajansowymi płytkami i orientalnymi obrazami olejnymi.
Następnie znajduje się Pałac Tronowy, którego widok jest wręcz oszałamiający. Składa się z dwóch pięter, niższe nazywane jest Salą Tronową, jej sufit pokryty jest dyskiem słonecznym ze złotymi promieniami sięgającymi czterech rogów pomieszczenia. Sofa i krzesła pokryte są welurem, a pomieszczenie wyłożone jest dużymi obrazami niektórych władców Egiptu z rodziny Mohameda Ali, a także obrazami przedstawiającymi krajobrazy z całego Egiptu. To tutaj książę przyjmował swoich gości przy pewnych okazjach, takich jak święta. Górne piętro składa się z dwóch sal przeznaczonych na sezon zimowy oraz rzadkiego pomieszczenia zwanego Komnatą Aubussona, ponieważ wszystkie jego ściany pokryte są fakturą francuskiego Aubussona. Jest ona poświęcona kolekcji Ilhami Pasha, dziadka macierzystego księcia Mohameda Ali.
Kolejną wielką salą jest Złota Sala, nazwana tak, ponieważ dekoracje wszystkich jej ścian i sufitu są w złocie, która była używana do oficjalnych uroczystości, mimo że jest pozbawiona antyków. Być może tłumaczy to fakt, że jej ściany i sufit pokryte są rzeźbionymi złoconymi motywami kwiatowymi i geometrycznymi. Książę Mohamed Ali faktycznie przeniósł tę salę z domu swojego dziadka, Ilhami Pasha, który pierwotnie zbudował ją, aby przyjąć sułtana Abdula Majida I, który uczestniczył w uhonorowaniu Ilhami Pasha z okazji jego zwycięstwa nad Imperium Rosyjskim w wojnie krymskiej.
Meczet dołączony do pałacu ma inspirowany rokitnikiem sufit i mihrab (niszę) ozdobioną niebieskimi płytkami ceramicznymi, a po prawej stronie znajduje się mały minbar (ambona) ozdobiony złoconymi ornamentami. Autorem prac ceramicznych jest ormiański ceramik David Ohannessian, pochodzący z Kutahyi. Meczet posiada dwa iwany, sufit wschodniego iwana ma formę małych kopuł z żółtego szkła, natomiast zachodni iwan jest ozdobiony dekoracjami z promieni słonecznych.
Wieża Zegarowa znajduje się w Pałacu leży pomiędzy Salą Recepcyjną a Meczetem. Integruje style andaluzyjskich i marokańskich wież, które były używane do obserwacji i wysyłania wiadomości za pomocą ognia w nocy i dymu w ciągu dnia, a dołączony do niego jest zegar umieszczony na górze, a jego wskazówki są w postaci dwóch węży. W dolnej części wieży znajdują się pisma koraniczne, podobnie jak w wielu innych częściach Pałacu.
Projekt pałacu łączy europejską secesję i rokoko z tradycyjnymi islamskimi stylami architektonicznymi, takimi jak mamluk, osmański, marokański, andaluzyjski i perski. W czasach królewskich książę Mohamed Ali organizował tam wiele przyjęć i spotkań dla najważniejszych pashas i ministrów kraju, dygnitarzy, pisarzy i dziennikarzy. Książę poprosił, aby po jego śmierci pałac został przekształcony w muzeum.
Po rewolucji w 1952 roku majątek potomków Mohameda Ali Paszy został przejęty, a pałac przekształcono w muzeum i społeczeństwo mogło wreszcie na własne oczy zobaczyć wspaniałość, w jakiej żyły rodziny królewskie.