Na początku 1800 roku, magazyn soli zajmował ziemię, która później mieścił Pałac Prezydencki. Jeden z największych helsińskich kupców, Johan Henrik Heidenstrauch, kupił działkę i zbudował tam swój dom. Dom Heidenstrauch, zaprojektowany przez Pehra Granstedta, zwrócił uwagę na to, że jest znacznie większy niż typowe domy kupieckie tamtych czasów. Urzędnicy zauważyli i dom został zakupiony dla generalnego gubernatora Finlandii w 1837 roku.
Car Mikołaj i dostrzegł również potencjał domu i zażądał, aby budynek stał się jego oficjalną rezydencją w Helsinkach. Pałac został odnowiony w latach 1843-1845. W tym czasie dobudowano nowe skrzydło z kaplicą, salą bankietową, kuchnią i salą balową. Rodzina cesarska nie korzystała z domu aż do 1854 roku, kiedy to wielki książę Konstanty odwiedził go przez miesiąc. Ostatni raz rodzina cesarska korzystała z budynku podczas jednodniowej wizyty Mikołaja II w 1915 roku.
W czasie I wojny światowej pałac był wykorzystywany jako szpital wojskowy. Kiedy Car/Wielki Książę Finlandii abdykował w 1917 roku, pałac stał się własnością Senatu. Zmieniono nazwę budynku i wykorzystano go jako siedzibę do końca fińskiej wojny domowej. Dawny Pałac Cesarski był następnie wykorzystywany przez Niemców i biały Fiński sztab wojskowy, jako potencjalna Rezydencja księcia Fryderyka I jako Ministerstwo Spraw Zagranicznych.
Kiedy Finlandia przyjęła nową konstytucję w 1919 roku, budynek został wybrany na oficjalną rezydencję prezydenta. Dawny Pałac Cesarski został wyremontowany i zwrócono jego oryginalne wyposażenie. Pałac Prezydencki do 1993 roku mieścił wszystkich prezydentów Finlandii, z wyjątkiem trzech. Dziś prezydent mieszka w Mäntyniemi, nadmorskiej rezydencji w zachodnich Helsinkach.
