A principios del siglo XIX, un almacén de sal ocupaba el terreno que más tarde albergaría el Palacio Presidencial. Uno de los comerciantes más exitosos de Helsinki, Johan Henrik Heidenstrauch, compró el terreno y construyó allí su casa. La Casa Heidenstrauch, diseñada por Pehr Granstedt, llamó la atención por ser mucho más grande que las típicas casas de comerciantes de la época. Los funcionarios se dieron cuenta y la casa fue comprada para el Gobernador General de Finlandia en 1837.
El zar Nicolás I también vio el potencial de la casa y exigió que el edificio se convirtiera en su residencia oficial de Helsinki. El palacio fue renovado entre 1843 y 1845. En esta época se añadió una nueva ala que contenía una capilla, un salón de banquetes, una cocina y un salón de baile. La familia imperial no utilizó la casa hasta 1854, cuando el Gran Duque Konstantin la visitó durante un mes. La última vez que la familia imperial utilizó el edificio fue una visita de un día de Nicolás II en 1915.
Durante la Primera Guerra Mundial, el palacio se utilizó como hospital militar. Cuando el Zar/Gran Duque de Finlandia abdicó en 1917, el palacio pasó a ser propiedad del Senado. Éste cambió el nombre del edificio y lo utilizó como cuartel general hasta el final de la Guerra Civil finlandesa. Posteriormente, el antiguo Palacio Imperial fue utilizado por los alemanes y el personal militar de Finlandia Blanca, como residencia potencial del príncipe Federico y como Ministerio de Asuntos Exteriores.
Cuando Finlandia adoptó una nueva Constitución en 1919, el edificio fue elegido para convertirse en la residencia oficial del Presidente. El antiguo Palacio Imperial fue reparado y se le devolvió su mobiliario original. El Palacio Presidencial albergó a todos los presidentes de Finlandia, excepto a tres, hasta 1993. Hoy, el Presidente vive en Mäntyniemi, una residencia junto al mar en el oeste de Helsinki.
