Dentro de la Ciudadela también se puede visitar el Palacio del Harén de Muhammad Ali. El Museo del Palacio del Príncipe Muhammad Ali en Manial es uno de los museos históricos más bellos e importantes de Egipto. El museo exhibe un periodo importante de la historia del Egipto moderno y se caracteriza por su diseño arquitectónico. Su estilo islámico moderno se fusiona con elementos persas y mamelucos. También se inspira en motivos sirios, marroquíes y andaluces, así como en el estilo otomano. El edificio armoniza así varias tradiciones arquitectónicas islámicas.
El palacio del príncipe Muhammad Ali Tawfik se construyó entre 1319 y 1348 / 1900-1929 d. C. y consta de una muralla exterior que rodea la entrada al palacio. En el interior de las murallas se encuentran el palacio de recepción, la torre del reloj, el Sabil, la mezquita, el museo de caza, los aposentos, el salón del trono, el museo privado y el salón dorado, además del maravilloso jardín que rodea el palacio. El Palacio de Recepción es lo primero que se ve al entrar en el palacio. Sus grandes salones decorados suntuosamente con azulejos, lámparas de araña y techos tallados se diseñaron para recibir a invitados de prestigio, como el famoso compositor francés Camille Saint-Saëns, que ofreció conciertos privados y compuso parte de su música en el palacio, incluido el Concierto para piano n.º 5 titulado "El Egipcio". 5, titulado "El Egipcio". El Salón de Recepciones contiene raras antigüedades, como alfombras, muebles y mesas árabes decoradas. Se dice que el Príncipe tenía un equipo encargado de buscar objetos raros y traérselos para exponerlos en su palacio y museo.
El palacio consta de dos plantas. La primera contiene la sala de honor para recibir a estadistas y embajadores, y el salón de recepciones para que los fieles de alto rango se sienten con el Príncipe antes de las oraciones de los viernes cada semana, y la superior incluye dos grandes salones, uno de los cuales está diseñado al estilo marroquí, donde sus paredes están cubiertas de espejos y azulejos de loza, mientras que el otro salón se diseñó al estilo levantino, donde las paredes están cubiertas de madera con coloridos motivos geométricos y florales con escritos coránicos y versos de poesía.
El Palacio Residencial es igualmente impresionante, y una de sus piezas más exquisitas es una cama de 850 kg de plata pura que perteneció a la madre del príncipe. Este es el palacio principal y el primer edificio que se construyó. Consta de dos plantas conectadas por una escalera. La primera planta incluye el vestíbulo de la fuente, el haramlik, la sala de los espejos, el salón azul, el salón de las conchas marinas, la Shekma, el comedor, la sala de la chimenea y el despacho y la biblioteca del Príncipe. La sala más interesante es quizá el Salón Azul, con sus sofás de cuero apoyados en las paredes decoradas con azulejos de loza azul y óleos orientalistas.
A continuación se encuentra el Palacio del Trono, cuya contemplación es impresionante. Consta de dos plantas, la inferior se llama Salón del Trono, su techo está cubierto de un disco solar con rayos dorados que llegan hasta las cuatro esquinas de la sala. El sofá y las sillas están cubiertos de terciopelo, y la sala está forrada con grandes cuadros de algunos de los gobernantes de Egipto de la familia de Mohamed Ali, así como con pinturas de paisajes de todo Egipto. Aquí es donde el Príncipe recibía a sus invitados en determinadas ocasiones, como las fiestas. La planta superior consta de dos salones para la temporada de invierno, y una sala poco común llamada la Cámara Aubusson porque todas sus paredes están cubiertas con la textura del Aubusson francés. Está dedicada a la colección de Ilhami Pasha, abuelo materno del príncipe Mohamed Ali.
Otra gran sala es el Salón Dorado, llamado así porque la decoración de todas sus paredes y techo es de oro, que se utilizaba para celebraciones oficiales, a pesar de estar desprovisto de antigüedades. Tal vez esto se explique por el hecho de que sus paredes y techo están cubiertos de motivos florales y geométricos dorados tallados. En realidad, el príncipe Mohamed Ali trasladó este salón de la casa de su abuelo, Ilhami Pachá, quien lo construyó originalmente para recibir al sultán Abdul Majid I, que acudió a honrar a Ilhami Pachá con motivo de su victoria contra el Imperio ruso en la guerra de Crimea.
La mezquita anexa al palacio tiene un techo de inspiración rococó y un mihrab (nicho) decorado con azulejos de cerámica azul; a la derecha, hay un pequeño minbar (púlpito) decorado con ornamentos dorados. La cerámica es obra del ceramista armenio David Ohannessian, originario de Kutahya. La mezquita tiene dos iwan; el techo del iwan oriental tiene forma de pequeñas cúpulas de cristal amarillo, mientras que el del iwan occidental está decorado con rayos de sol.
Entre el vestíbulo de recepción y la mezquita se encuentra la Torre del Reloj. Integra los estilos de las torres andalusíes y marroquíes que se utilizaban para observar y enviar mensajes mediante fuego por la noche y humo durante el día, y tiene adosado un reloj situado en la parte superior cuyas manecillas tienen forma de dos serpientes. La parte inferior de la torre presenta escrituras coránicas, al igual que muchas otras partes del palacio.
El diseño del palacio integra el Art Nouveau y el Rococó europeos con estilos arquitectónicos islámicos tradicionales, como el mameluco, el otomano, el marroquí, el andalusí y el persa. Durante la época real, el príncipe Mohamed Ali celebró allí numerosas fiestas y reuniones para los principales pachás y ministros del país, dignatarios, escritores y periodistas. El príncipe pidió que el palacio se transformara en museo tras su muerte.
Tras la revolución de 1952 se confiscaron las propiedades de los descendientes de Mohamed Ali Pachá, el palacio se transformó en museo y por fin se permitió al público ver por sí mismo la grandeza en la que vivían las familias reales.