Dentro da Cidadela pode também visitar o Palácio Harem de Muhammad Ali. O Museu do Palácio do Príncipe Muhammad Ali em Manial é um dos mais belos e importantes museus históricos do Egipto. O museu exibe um período importante na história do Egipto moderno e caracteriza-se pelo seu design arquitectónico. O seu estilo islâmico moderno funde-se com elementos Persas e Mamelucos. Foi também inspirado por motivos sírios, marroquinos e andaluzes, bem como pelo estilo otomano. O edifício harmoniza assim entre uma série de tradições arquitectónicas islâmicas.
O palácio do príncipe Muhammad Ali Tawfik foi estabelecido entre 1319- 1348 AH/ 1900-1929 AD e consiste numa parede exterior que rodeia a entrada do palácio. Dentro das paredes encontra-se a área de recepção, a torre do relógio, o Sabil, a mesquita, o museu da caça, os alojamentos, o salão do trono, o museu privado, e o salão dourado, para além do maravilhoso jardim que rodeia o palácio. O Palácio da Recepção é a primeira coisa que se vê quando se entra no palácio. Os seus grandes salões decorados luxuosamente com azulejos, lustres e tectos esculpidos foram concebidos para receber convidados prestigiados, tais como o famoso compositor francês Camille Saint-Saëns que realizou concertos privados e compôs alguma da sua música no Palácio, incluindo o Concerto para Piano no. 5 intitulado "O Egípcio". O Salão de Recepção contém antiguidades raras, incluindo tapetes, mobiliário e mesas árabes decoradas. Diz-se que o Príncipe tinha uma equipa encarregada de procurar artefactos raros e trazê-los até ele para os expor no seu palácio e museu.
O palácio é composto por dois andares. O primeiro contém a sala de honra para receber estadistas e embaixadores, e o salão de recepção para os adoradores seniores se sentarem com o Príncipe antes das orações de sexta-feira todas as semanas, e o superior inclui dois grandes salões, um dos quais foi concebido em estilo marroquino, onde as suas paredes foram cobertas com espelhos e azulejos de faiança, enquanto o outro salão foi concebido em estilo Levantino, onde as paredes são cobertas de madeira com motivos geométricos e florais coloridos com escritos do Alcorão e versos de poesia.
O Palácio Residencial é igualmente impressionante, e uma das peças mais requintadas é uma cama feita de 850 Kgs de prata pura que pertenceu à mãe do Príncipe. Este é o palácio principal e o primeiro edifício a ser construído. É composto por dois andares ligados por uma escada. O primeiro andar inclui o foyer da fonte, o haramlik, a sala dos espelhos, a sala do salão azul, a sala da concha do mar, o Shekma, a sala de jantar, a sala da lareira, e o escritório e a biblioteca do Príncipe. A sala mais interessante é talvez a do Salão Azul, com os seus sofás de couro apoiados contra as paredes decorados com azulejos de faiança azuis e pinturas a óleo orientalistas.
Depois disso, há o Palácio do Trono, que é bastante deslumbrante de se ver. É composto por dois andares, o inferior chama-se Sala do Trono, o seu tecto é coberto por um disco de sol com raios dourados que se estendem até aos quatro cantos da sala. O sofá e as cadeiras são cobertos com veludo, e a sala é forrada com grandes quadros de alguns dos governantes do Egipto da família de Mohamed Ali, bem como com pinturas de paisagens de todo o Egipto. Foi aqui que o Príncipe recebeu os seus convidados em certas ocasiões, tais como feriados. O andar superior consiste em dois salões para a época de Inverno, e uma sala rara chamada Câmara Aubusson porque todas as suas paredes estão cobertas com a textura do Aubusson francês. É dedicada à colecção de Ilhami Pasha, o avô materno do Príncipe Mohamed Ali.
Outra grande sala é o Salão Dourado, nomeado como tal porque as decorações de todas as suas paredes e tecto são em ouro, que foi utilizado para celebrações oficiais, apesar de ser desprovido de antiguidades. Talvez isto se explique pelo facto de as suas paredes e tecto serem cobertos com motivos florais e geométricos talhados em dourado. O Príncipe Mohamed Ali mudou de facto este salão da casa do seu avô, Ilhami Pasha, que o construiu originalmente para receber o Sultão Abdul Majid I, que assistiu em honra de Ilhami Pasha por ocasião da sua vitória contra o Império Russo na Guerra da Crimeia.
A mesquita anexa ao Palácio tem um tecto de inspiração rococó e um mihrab (nicho) decorado com azulejos azuis de cerâmica, e à direita, há um pequeno minbar (púlpito) decorado com ornamentos dourados. A obra de cerâmica foi criada pelo ceramista arménio David Ohannessian, originalmente de Kutahya. A mesquita tem dois iwans, o tecto de iwan oriental tem a forma de pequenas cúpulas de vidro amarelo, enquanto o iwan ocidental é decorado com decorações de raios de sol.
Uma Torre do Relógio está localizada no interior do Palácio, entre o Salão de Recepção e a Mesquita. Integra os estilos das torres andaluzas e marroquinas que eram utilizadas para observar e enviar mensagens por fogo à noite e fumar durante o dia, e a ela está acoplado um relógio colocado no topo e os seus ponteiros estão na forma de duas serpentes. A parte inferior da torre apresenta escrituras do Alcorão, tal como muitas outras partes do Palácio.
O design do Palácio integra a Arte Nova Europeia e o Rococó com estilos arquitectónicos islâmicos tradicionais, tais como Mamluk, Otomano, Marroquino, Andaluz, e Persa. Durante a era real, o Príncipe Mohamed Ali realizou ali muitas festas e reuniões para os principais pashas e ministros, dignitários, escritores e jornalistas do país. O Príncipe pediu que o Palácio fosse transformado num museu após a sua morte.
Após a revolução de 1952 as propriedades dos descendentes de Mohamed Ali Pasha foram apreendidas, e o palácio foi transformado num museu e o público pôde finalmente ver com os seus próprios olhos a grandiosidade em que viviam as famílias reais.