Au début des années 1800, un entrepôt de sel occupait le terrain qui accueillera plus tard le Palais présidentiel. L'un des marchands les plus prospères d'Helsinki, Johan Henrik Heidenstrauch, a acheté le terrain et y a construit sa maison. La maison Heidenstrauch, conçue par Pehr Granstedt, attire l'attention car elle est beaucoup plus imposante que les maisons de marchands typiques de l'époque. Les autorités l'ont remarqué et la maison a été achetée pour le gouverneur général de la Finlande en 1837.
Le tsar Nicolas Ier a également vu le potentiel de la maison et a exigé que le bâtiment devienne sa résidence officielle à Helsinki. Le palais a été rénové entre 1843 et 1845. Pendant cette période, une nouvelle aile a été ajoutée, contenant une chapelle, une salle de banquet, une cuisine et une salle de bal. La famille impériale n'a pas utilisé la maison jusqu'en 1854, lorsque le Grand Duc Konstantin y a séjourné pendant un mois. La dernière fois que la famille impériale a utilisé le bâtiment, c'était lors d'une visite d'une journée de Nicolas II en 1915.
Pendant la Première Guerre mondiale, le palais a été utilisé comme hôpital militaire. Lorsque le Tsar/Grand Duc de Finlande a abdiqué en 1917, le palais est devenu la propriété du Sénat. Celui-ci a rebaptisé le bâtiment et l'a utilisé comme quartier général jusqu'à la fin de la guerre civile finlandaise. L'ancien palais impérial a ensuite été utilisé par les Allemands et l'état-major de la Finlande blanche, comme résidence potentielle du prince Frederick et comme ministère des Affaires étrangères.
Lorsque la Finlande a adopté une nouvelle Constitution en 1919, le bâtiment a été choisi pour devenir la résidence officielle du président. L'ancien palais impérial a été réparé et son mobilier d'origine restitué. Le palais présidentiel a abrité tous les présidents finlandais, sauf trois, jusqu'en 1993. Aujourd'hui, le Président vit à Mäntyniemi, une résidence en bord de mer à l'ouest d'Helsinki.
