À l'intérieur de la citadelle, vous pouvez également visiter le palais du harem de Muhammad Ali. Le musée du palais du prince Muhammad Ali à Manial est l'un des plus beaux et des plus importants musées historiques d'Égypte. Le musée expose une période importante de l'histoire de l'Égypte moderne et se caractérise par sa conception architecturale. Son style islamique moderne fusionne avec des éléments persans et mamelouks. Il s'inspire également de motifs syriens, marocains et andalous, ainsi que du style ottoman. Le bâtiment s'harmonise ainsi entre plusieurs traditions architecturales islamiques.
Le palais du prince Muhammad Ali Tawfik a été construit entre 1319 et 1348 de l'hégire (1900-1929 de notre ère) et se compose d'un mur extérieur qui entoure l'entrée du palais. À l'intérieur des murs se trouvent le palais de réception, la tour de l'horloge, le Sabil, la mosquée, le musée de la chasse, les quartiers d'habitation, la salle du trône, le musée privé et la salle dorée, en plus du merveilleux jardin qui entoure le palais. Le palais de réception est la première chose que vous voyez lorsque vous entrez dans le palais. Ses grandes salles somptueusement décorées de carreaux, de lustres et de plafonds sculptés ont été conçues pour recevoir des invités prestigieux, comme le célèbre compositeur français Camille Saint-Saëns, qui a donné des concerts privés et composé une partie de sa musique au palais, notamment le Concerto pour piano n° 5 intitulé "L'Égyptien". 5 intitulé "L'Égyptien". La salle de réception contient des antiquités rares, notamment des tapis, des meubles et des tables arabes décorées. On dit que le prince avait une équipe chargée de rechercher des objets rares et de les lui apporter pour les exposer dans son palais et son musée.
Le palais se compose de deux étages. Le premier contient la salle d'honneur pour recevoir les hommes d'État et les ambassadeurs, ainsi que la salle de réception pour les fidèles de haut rang qui s'assoient avec le Prince avant la prière du vendredi chaque semaine. L'étage supérieur comprend deux grandes salles, dont l'une est conçue dans le style marocain, où ses murs sont recouverts de miroirs et de carreaux de faïence, tandis que l'autre salle a été conçue dans le style levantin, où les murs sont recouverts de bois avec des motifs géométriques et floraux colorés avec des écritures coraniques et des versets de poésie.
Le palais résidentiel est tout aussi impressionnant, et l'une des pièces les plus exquises est un lit fait de 850 kg d'argent pur qui appartenait à la mère du prince. C'est le palais principal et le premier bâtiment à être construit. Il se compose de deux étages reliés par une échelle. Le premier étage comprend le foyer de la fontaine, le haramlik, la salle des miroirs, le salon bleu, le salon des coquillages, la Shekma, la salle à manger, la salle de la cheminée, le bureau et la bibliothèque du prince. La pièce la plus intéressante est sans doute le salon bleu avec ses canapés en cuir adossés aux murs décorés de carreaux de faïence bleue et de peintures à l'huile orientalistes.
Ensuite, il y a le Palais du Trône qui est tout à fait étonnant à voir. Il se compose de deux étages, le plus bas s'appelle la salle du trône, son plafond est recouvert d'un disque solaire dont les rayons dorés s'étendent aux quatre coins de la pièce. Le canapé et les chaises sont recouverts de velours, et la pièce est tapissée de grandes photos de certains des souverains d'Égypte de la famille de Mohamed Ali, ainsi que de peintures de paysages de toute l'Égypte. C'est ici que le Prince recevait ses invités à certaines occasions, comme les fêtes. L'étage supérieur se compose de deux salles pour la saison d'hiver, et d'une pièce rare appelée la Chambre d'Aubusson car tous ses murs sont recouverts de la texture de l'Aubusson français. Elle est dédiée à la collection d'Ilhami Pacha, le grand-père maternel du Prince Mohamed Ali.
Une autre grande salle est la Salle dorée, appelée ainsi parce que les décorations de tous ses murs et de son plafond sont en or, qui était utilisée pour les célébrations officielles, bien qu'elle soit dépourvue d'antiquités. Cela s'explique peut-être par le fait que ses murs et son plafond sont couverts de motifs floraux et géométriques sculptés et dorés. Le prince Mohamed Ali a en fait déplacé cette salle de la maison de son grand-père, Ilhami Pasha, qui l'avait initialement construite pour recevoir le sultan Abdul Majid Ier, venu honorer Ilhami Pasha à l'occasion de sa victoire contre l'Empire russe lors de la guerre de Crimée.
La mosquée rattachée au palais possède un plafond d'inspiration rococo et un mihrab (niche) décoré de carreaux de céramique bleue. À droite, on trouve un petit minbar (chaire) orné d'ornements dorés. Les travaux de céramique ont été réalisés par le céramiste arménien David Ohannessian, originaire de Kutahya. La mosquée possède deux iwans, le plafond de l'iwan oriental se présente sous la forme de petits dômes en verre jaune, tandis que l'iwan occidental est orné de décorations en forme de rayons de soleil.
Une tour de l'horloge est située dans le palais, entre le hall de réception et la mosquée. Elle intègre les styles des tours andalouses et marocaines qui étaient utilisées pour observer et envoyer des messages par le feu la nuit et la fumée le jour. Une horloge est fixée au sommet et ses aiguilles sont en forme de deux serpents. Le bas de la tour présente des écritures coraniques, tout comme de nombreuses autres parties du palais.
La conception du palais intègre l'art nouveau et le rococo européens aux styles architecturaux islamiques traditionnels, tels que le style mamelouk, ottoman, marocain, andalou et persan. Durant l'ère royale, le prince Mohamed Ali y a organisé de nombreuses fêtes et réunions pour les principaux pachas et ministres du pays, des dignitaires, des écrivains et des journalistes. Le prince a demandé que le palais soit transformé en musée après sa mort.
Après la révolution de 1952, les propriétés des descendants de Mohamed Ali Pacha ont été saisies. Le palais a été transformé en musée et le public a enfin pu voir de ses propres yeux la grandeur dans laquelle vivaient les familles royales.