La începutul anilor 1800, un depozit pentru sare a ocupat terenul care avea să dețină ulterior Palatul Prezidențial. Unul dintre cei mai de succes negustori din Helsinki, Johan Henrik Heidenstrauch, a cumpărat lotul și și-a construit casa acolo. Casa Heidenstrauch, proiectată de Pehr Granstedt, a atras atenția pentru că era mult mai măreață decât casele comerciale tipice ale vremii. Oficialii au observat și casa a fost achiziționată pentru Guvernatorul General al Finlandei în 1837.
Țarul Nicolae I a văzut, de asemenea, potențialul casei și a cerut ca clădirea să devină reședința sa oficială din Helsinki. Palatul a fost renovat între 1843 și 1845. În acest timp a fost adăugată o nouă aripă, care conține o capelă, o sală de banchet, o bucătărie și o sală de bal. Familia imperială nu a folosit casa decât în 1854, când Marele Duce Konstantin a vizitat timp de o lună. Ultima dată când familia imperială a folosit clădirea a fost o vizită de o zi a lui Nicolae al II-lea în 1915.
În timpul Primului Război Mondial, palatul a fost folosit ca spital militar. Când țarul / Marele Duce al Finlandei a abdicat în 1917, Palatul a devenit proprietatea Senatului. Au redenumit clădirea și au folosit-o ca sediu până la sfârșitul războiului civil finlandez. Fostul palat Imperial a fost ulterior folosit de germani și de Statul Major alb finlandez, ca potențială reședință a Prințului Frederic și ca Ministerul Afacerilor Externe.
Când Finlanda a adoptat o nouă Constituție în 1919, clădirea a fost aleasă pentru a deveni reședința oficială a Președintelui. Fostul palat Imperial a fost reparat și mobilierul său original a fost returnat. Palatul Prezidențial a găzduit toți președinții Finlandei, cu excepția a trei, până în 1993. Astazi, presedintele locuieste la M-N-Tyniemi, o resedinta de pe litoral din vestul Helsinki-ului.
