În interiorul cetății puteți vizita și Palatul Harem al lui Muhammad Ali. Muzeul Palatului Prințului Muhammad Ali din Manial este unul dintre cele mai frumoase și importante muzee istorice din Egipt. Muzeul expune o perioadă importantă din istoria Egiptului modern și se caracterizează prin designul său arhitectural. Stilul său islamic modern se îmbină cu elemente persane și mameluce. De asemenea, a fost inspirat de motive siriene, marocane și andaluze, precum și de stilul otoman. Astfel, clădirea se armonizează între mai multe tradiții arhitecturale islamice.
Palatul prințului Muhammad Ali Tawfik a fost construit între anii 1319- 1348 AH/ 1900-1929 d.Hr. și constă dintr-un zid exterior care înconjoară intrarea în palat. În interiorul zidurilor se află zona de recepție, turnul cu ceas, Sabilul, moscheea, muzeul de vânătoare, camerele de locuit, sala tronului, muzeul privat și sala de aur, la care se adaugă minunata grădină care înconjoară palatul. Palatul de Recepție este primul lucru pe care îl vedeți când intrați în palat. Saloanele sale grandioase, decorate fastuos cu gresie, candelabre și tavane sculptate, au fost concepute pentru a primi oaspeți de prestigiu, cum ar fi celebrul compozitor francez Camille Saint-Saëns, care a susținut concerte private și a compus o parte din muzica sa la palat, inclusiv Concertul pentru pian nr. 5 intitulat "Egipteanul". Sala de recepție conține antichități rare, inclusiv covoare, mobilier și mese arabe decorate. Se spune că prințul avea o echipă însărcinată să caute artefacte rare și să i le aducă pentru a le expune în palatul și muzeul său.
Palatul este format din două etaje. Primul conține sala de onoare pentru primirea oamenilor de stat și a ambasadorilor și sala de recepție pentru credincioșii seniori care se așează cu prințul înainte de rugăciunile de vineri din fiecare săptămână, iar cel superior include două săli mari, dintre care una este proiectată în stil marocan, unde pereții săi au fost acoperiți cu oglinzi și faianță, în timp ce cealaltă sală a fost proiectată în stil levantin, unde pereții sunt acoperiți cu lemn cu motive geometrice și florale colorate cu scrieri coranice și versete de poezie.
Palatul rezidențial este la fel de impresionant, iar una dintre cele mai rafinate piese de acolo este un pat realizat din 850 Kgs de argint pur care a aparținut mamei prințului. Acesta este palatul principal și prima clădire care a fost construită. Este format din două etaje conectate printr-o scară. Primul etaj include foaierul fântânii, haramlik-ul, camera oglinzilor, salonul albastru, salonul cu scoici, Shekma, sala de mese, sala șemineului, biroul și biblioteca prințului. Cea mai interesantă încăpere este poate salonul albastru, cu canapelele sale din piele sprijinite de pereții decorați cu faianță albastră și picturi în ulei orientaliste.
După aceasta, se află Palatul Tronului, care este destul de impresionant de admirat. Este format din două etaje, cel inferior se numește Sala Tronului, tavanul său este acoperit cu un disc solar cu raze de aur care se întind până în cele patru colțuri ale încăperii. Canapele și scaunele sunt acoperite cu vată, iar camera este tapetată cu tablouri mari ale unor conducători ai Egiptului din familia lui Mohamed Ali, precum și cu picturi cu peisaje din jurul Egiptului. Aici își primea prințul oaspeții în anumite ocazii, cum ar fi sărbătorile. Etajul superior este format din două saloane pentru sezonul de iarnă și o cameră rară, numită Camera Aubusson, deoarece toți pereții săi sunt acoperiți cu textură de Aubusson francez. Aceasta este dedicată colecției lui Ilhami Pașa, bunicul matern al prințului Mohamed Ali.
O altă încăpere deosebită este Sala de Aur, numită astfel deoarece decorațiunile tuturor pereților și tavanului său sunt din aur, care era folosită pentru festivități oficiale, în ciuda faptului că este lipsită de antichități. Poate că acest lucru se explică prin faptul că pereții și tavanul său sunt acoperite cu motive florale și geometrice sculptate în aur. Prințul Mohamed Ali a mutat de fapt această sală din casa bunicului său, Ilhami Pașa, care a construit-o inițial pentru a-l primi pe sultanul Abdul Majid I, care a participat pentru a-l onora pe Ilhami Pașa cu ocazia victoriei sale împotriva Imperiului Rus în Războiul Crimeii.
Moscheea atașată la palat are un tavan de inspirație rococo și un mihrab (nișă) decorat cu plăci ceramice albastre, iar în dreapta se află un mic minbar (amvon) decorat cu ornamente aurite. Lucrările de ceramică au fost create de ceramistul armean David Ohannessian, originar din Kutahya. Moscheea are două iwan-uri, tavanul iwan-ului estic este sub forma unor mici cupole de sticlă galbenă, în timp ce iwan-ul vestic este decorat cu decorațiuni de raze de soare.
Un turn cu ceas se află în interiorul palatului se află între sala de recepție și moschee. Acesta integrează stilurile turnurilor andaluze și marocane care erau folosite pentru a observa și a trimite mesaje prin foc noaptea și fum în timpul zilei, iar atașat la el se află un ceas plasat în partea de sus, iar mâinile sale sunt în formă de doi șerpi. În partea de jos a turnului se află scrieri coranice, la fel ca în multe alte părți ale palatului.
Designul palatului integrează stilul european Art Nouveau și Rococo cu stilurile arhitecturale islamice tradiționale, precum cel mameluc, otoman, marocan, andaluz și persan. În timpul epocii regale, prințul Mohamed Ali a organizat aici numeroase petreceri și întâlniri pentru pașa și miniștri de top ai țării, demnitari, scriitori și jurnaliști. Prințul a cerut ca palatul să fie transformat în muzeu după moartea sa.
După revoluția din 1952, proprietățile urmașilor lui Mohamed Ali Pașa au fost confiscate, iar palatul a fost transformat în muzeu și, în sfârșit, publicului i s-a permis să vadă cu ochii săi grandoarea în care trăiau familiile regale.