Dins de la Ciutadella també podeu visitar el Palau Harem de Muhammad Ali. El Museu del Palau del Príncep Muhammad Ali a Manial és un dels museus històrics més bells i importants d'Egipte. El museu exposa un període important de la història de l'Egipte modern i es caracteritza pel seu disseny arquitectònic. El seu estil islàmic modern es fusiona amb elements perses i mamelucs. També es va inspirar en motius sirians, marroquins i andalusos, així com en l'estil otomà. L'edifici s'harmonitza així entre una sèrie de tradicions arquitectòniques islàmiques.El palau del príncep Muhammad Ali Tawfik es va establir entre 1319-1348 AH/1900-1929 dC i consta d'un mur exterior que envolta l'entrada al palau. Dins de les muralles hi ha la zona de recepció, la torre del rellotge, el Sabil, la mesquita, el museu de caça, les habitacions, la sala del tron, el museu privat i la sala daurada, a més del meravellós jardí que envolta el palau.El Palau de Recepcions és el primer que veus quan entres al palau. Les seves grans sales decorades profusament amb rajoles, canelobres i sostres tallats van ser dissenyades per rebre convidats de prestigi, com el famós compositor francès Camille Saint-Saëns que va fer concerts privats i va compondre part de la seva música al Palau, inclòs el Concert per a piano núm. 5 titulat "L'egipci". La sala de recepcions conté antiguitats rares, com catifes, mobles i taules àrabs decorades. Es diu que el príncep tenia un equip encarregat de buscar artefactes rars i portar-los-los per mostrar-los al seu palau i museu.El palau consta de dues plantes. La primera conté la sala d'honor per rebre estadistes i ambaixadors, i la sala de recepció perquè els fidels majors s'asseguin amb el príncep abans de les oracions de divendres cada setmana, i la superior inclou dues sales grans, una de les quals està dissenyada a l'estil marroquí, on les seves parets estaven cobertes amb miralls i rajoles de faisa, mentre que l'altra sala va ser dissenyada a l'estil llevantí, on les parets estan cobertes de fusta amb motius geomètrics i florals de colors amb escrits alcorànics i versos de poesia.El Palau Residencial és igualment impressionant, i una de les peces més exquisides que hi ha és un llit fet de 850 kg de plata pura que va pertànyer a la mare del Príncep. Aquest és el palau principal i el primer edifici que es va construir. Consta de dues plantes comunicades per una escala. El primer pis inclou el vestíbul de la font, l'haramlik, la sala dels miralls, la sala del saló blau, la sala del saló de petxines, el Shekma, el menjador, la sala de la llar de foc i l'oficina i la biblioteca del príncep. La sala més interessant és potser el Saló Blau, amb els seus sofàs de cuir adossats a les parets, decorats amb rajoles de façana blava i pintures a l'oli orientalistes.Després d'això, hi ha el Palau del Tron, que és bastant impressionant de contemplar. Consta de dos pisos, l'inferior s'anomena Saló del Tron, el seu sostre està cobert amb un disc solar amb raigs daurats que arriben a les quatre cantonades de la sala. El sofà i les cadires estan coberts de vellut, i la sala està folrada amb grans imatges d'alguns dels governants d'Egipte de la família de Mohamed Ali, així com amb pintures de paisatges d'arreu d'Egipte. Aquí és on el Príncep rebia els seus convidats en determinades ocasions, com ara festes. El pis superior consta de dues sales per a la temporada d'hivern i una sala rara anomenada Aubusson Chamber perquè totes les seves parets estan cobertes amb la textura de l'Aubusson francès. Està dedicat a la col·lecció d'Ilhami Pasha, l'avi matern del príncep Mohamed Ali.Una altra gran sala és la Sala Daurada, batejada així perquè la decoració de totes les seves parets i el sostre són d'or, que s'utilitzava per a celebracions oficials, tot i estar desproveït d'antiguitats. Potser això s'explica pel fet que les seves parets i el sostre estan coberts amb motius florals i geomètrics tallats daurats. El príncep Mohamed Ali va traslladar aquesta sala de la casa del seu avi, Ilhami Pasha, que originalment la va construir per rebre el sultà Abdul Majid I, que va assistir a honorar Ilhami Pasha amb motiu de la seva victòria contra l'Imperi Rus a la Guerra de Crimea.La mesquita adossada al Palau té un sostre d'inspiració rococó i un mihrab (nínxol) decorat amb rajoles de ceràmica blava, i a la dreta, hi ha un petit minbar (púlpit) decorat amb ornaments daurats. L'obra ceràmica va ser creada pel ceramista armeni David Ohannessian, originari de Kutahya. La mesquita té dos iwans, el sostre iwan oriental té forma de petites cúpules de vidre groc, mentre que l'iwan occidental està decorat amb decoracions de raig de sol.Una torre del rellotge es troba dins del palau i es troba entre la sala de recepcions i la mesquita. Integra els estils de torres andaluses i marroquines que servien per observar i enviar missatges amb foc a la nit i fum durant el dia, i adjunt hi ha un rellotge col·locat a la part superior i les seves agulles tenen forma de dues serps. La part inferior de la torre presenta escriptures alcoràniques igual que moltes altres parts del palau.El disseny del Palau integra l'Art Nouveau i el Rococó europeu amb estils arquitectònics islàmics tradicionals, com els mamelucs, otomà, marroquí, andalús i persa.Durant l'època reial, el príncep Mohamed Ali va celebrar-hi moltes festes i reunions per als principals pasxàs i ministres, dignataris, escriptors i periodistes del país. El príncep va demanar que el Palau es transformés en museu després de la seva mort.Després de la revolució de 1952, les propietats dels descendents de Mohamed Ali Pasha van ser confiscades i el palau es va transformar en museu i finalment el públic va poder comprovar per si mateix la grandesa en què vivien les famílies reials.