All'inizio del 1800, un magazzino per il sale occupava il terreno che più tardi avrebbe ospitato il Palazzo Presidenziale. Uno dei commercianti di maggior successo di Helsinki, Johan Henrik Heidenstrauch, comprò il lotto e vi costruì la sua casa. La Heidenstrauch House, progettata da Pehr Granstedt, attirò l'attenzione per essere molto più grande delle tipiche case dei mercanti dell'epoca. I funzionari lo notarono e la casa fu acquistata per il governatore generale della Finlandia nel 1837.
Anche lo zar Nicola I vide il potenziale della casa e chiese che il palazzo diventasse la sua residenza ufficiale a Helsinki. Il palazzo fu rinnovato tra il 1843 e il 1845. Durante questo periodo fu aggiunta una nuova ala, contenente una cappella, una sala per banchetti, una cucina e una sala da ballo. La famiglia imperiale non utilizzò la casa fino al 1854, quando il granduca Konstantin la visitò per un mese. L'ultima volta che la famiglia imperiale utilizzò l'edificio fu una visita di un giorno di Nicola II nel 1915.
Durante la prima guerra mondiale, il palazzo fu usato come ospedale militare. Quando lo Zar/Granduca di Finlandia abdicò nel 1917, il palazzo divenne proprietà del Senato. Essi rinominarono l'edificio e lo usarono come quartier generale fino alla fine della guerra civile finlandese. L'Ex Palazzo Imperiale fu successivamente utilizzato dai tedeschi e dallo staff militare bianco finlandese, come potenziale residenza del principe Federico e come Ministero degli Affari Esteri.
Quando la Finlandia adottò una nuova Costituzione nel 1919, l'edificio fu scelto per diventare la residenza ufficiale del presidente. L'ex palazzo imperiale fu riparato e i suoi arredi originali restituiti. Il Palazzo Presidenziale ha ospitato tutti i presidenti finlandesi, tranne tre, fino al 1993. Oggi il presidente vive a Mäntyniemi, una residenza sul mare a ovest di Helsinki.
