Güzel Panagia (Meryem Ana) Paraportiani kilisesi sadece Mikonos'ta değil tüm dünyada en çok fotoğrafı çekilen kiliselerden biridir. Kastro mahallesinin girişinde, denizin hemen kenarında yer almaktadır. Kilisenin adı (Paraportiani), kilise Kale kapısının yanında olduğu için giriş kapısının yanında duran anlamına gelir. Yunanistan'daki en ilginç kiliselerden biri olan bu kilisenin en benzersiz yanı, aslında üst üste veya yan yana inşa edilmiş beş küçük kiliseden oluşmasıdır. Agios Efstathios kilisesi bu kompleksin merkezidir ve Agios Anargyros, Agios Sozon ve Agia Anastasia kiliseleri ile çevrilidir. Bu dört kilisenin üzerinde kubbeye benzeyen Panagia kilisesi bulunmaktadır. Beş kilise bir kerede değil, yüzyıllar boyunca kademeli olarak inşa edilmiştir. En eski kilise 14. yüzyılın sonlarında inşa edilen Agios Anargyros'tur. Diğer kiliseler 16. ve 17. yüzyıllarda inşa edilmiş, 1920 yılına kadar da yenileme çalışmaları yapılmıştır.