Kościół Pellizzano jest wymieniony po raz pierwszy w pergaminie datowanym na 12 maja 1264 r. Pod nazwą „Sanctae Mariae”; dlatego jego podstawę należy rozważyć wcześniej.Cerkiew została jednak uroczyście konsekrowana w 1474 r., pod koniec radykalnej przebudowy budowli sakralnej, o której mowa już w dokumencie z 1265 r. Ślady pierwotnej budowli odnaleźć można w zamurowanym oknie we wschodniej elewacji oraz w księgach które na elewacji północnej otaczają szczepy, w których znajduje się tak zwana kaplica Canacci.Kolejne prace zdobnicze i przebudowy odnotowano między XV a XVI wiekiem, kiedy to obecność bractw (takich jak tzw. dei Battuti czy Disciplini) sprzyjała pracy robotników z Lombardii, którym zawdzięczamy m.in. sklepienie po prawej stronie (ukończone w 1545 r. przez Lainese Rocco de Redis) i realizację prothyrum (zbudowane w 1524 r. i wykończone freskami w 1533 r. przez Averarese Simone de Baschenis).
