Située à l'embouchure du fleuve où pousse encore le persil sauvage (selinon) qui a donné son nom au cours d'eau et à la ville, elle a profité de sa position favorable pour exercer un commerce fructueux, notamment avec les Puniques qui vivaient dans la partie la plus occidentale de la Sicile. Elle a été fondée par les Megaresi de Sicile dans la seconde moitié du VIIe siècle avant J.-C. à proximité de deux ports-canaux, aujourd'hui ensablés, qui étaient extrêmement polyvalents pour l'établissement d'un commerce maritime intense. C'est grâce à cette exaltation habile du rôle géographique de Sélinonte que ses habitants, en l'espace d'un peu plus de deux siècles, ont atteint une prospérité économique peu comparable dans le monde grec et sicilien / magna-grec. Ils ont construit et agrandi une ville aux dimensions grandioses, la dotant de nombreux édifices de culte et d'ouvrages publics de la plus haute qualité. Malheureusement, Sélinonte, peut-être malgré elle, a été impliquée dans le climat d'hostilité qui s'est instauré entre les Grecs et les Puniques à la fin du Ve siècle avant Jésus-Christ. Ainsi, à partir de 409 avant J.-C., elle a perdu sa splendeur urbaine et est devenue un important centre commercial punique. Sans se soucier des subtilités de sa structure urbaine, les Puniques ont placé des habitations simples presque partout, même parmi les ruines des temples, subvertissant l'articulation fonctionnelle originale des zones. Le système d'urbanisme grec se situe au plus haut niveau de l'histoire de l'urbanisme moderne. L'incroyable nombre et la qualité des temples est en effet une particularité de Sélinonte. Sur l'acropole, les Grecs ont érigé jusqu'à quatre temples, parallèles et proches les uns des autres dans la zone sud, destinés au culte et aux activités publiques, ainsi que d'autres temples plus petits, plus anciens ou plus tardifs. Le Temple O, le plus au sud, devait avoir six colonnes sur le devant et quatorze sur les longs côtés. A côté, il y avait le temple A, presque similaire. Les lettres qui les désignent montrent la difficulté de leur identification en termes de finalité culturelle. Mais il pourrait s'agir de Poséidon et des Dioscures, sur la base de la fameuse "Grande Table de Sélinonte", véritable catalogue des cultes de la ville, retrouvée dans le temple G de la colline orientale. La zone sacrée sud de l'acropole comportait, dans sa partie la plus élevée, deux temples plus importants : les temples C et D. Le temple C fut l'un des premiers à être construit et fut partiellement reconstruit il y a environ un demi-siècle. Il s'agit de l'un des plus anciens exemples existants d'architecture de temple dorique, daté de la première moitié du 6e siècle avant J.-C.. Elle comporte six colonnes sur les côtés courts et dix-sept sur les côtés longs. Son plan est considérablement allongé, tout comme les colonnes, dont certaines sont monolithiques, et les triglyphes (les éléments qui séparaient les espaces métopalliques sur l'architrave). Ces espaces, sur les côtés courts, étaient décorés de métopes, dont certaines ont été récupérées et se trouvent maintenant au Museo Archeologico Regionale A. Salinas de Palerme. Le toit était décoré de bas-reliefs en terre cuite riches et colorés représentant des éléments floraux, tandis que le tympan avant (l'espace triangulaire au-dessus de l'architrave) présentait la tête gigantesque d'une Gorgone (un monstre mythologique à l'aspect grotesque et terrifiant), révélant l'habileté des coroplastes de Sélinonte. Sur la colline orientale, les piles de ruines prennent des dimensions grandioses. Les trois temples qui y étaient construits se sont effondrés sous les coups des tremblements de terre. L'un d'eux a été reconstruit, le Temple E, dédié à Héra ou Aphrodite. Sa conformation actuelle reflète son état final, supposé vers le milieu du Ve siècle av. Des fouilles récentes ont montré que deux autres temples similaires, qui se chevauchent presque, ont été construits plus tôt, dès les premières étapes de la vie de la colonie. Le temple E avait un certain nombre de métopes figurées qui ornaient sa façade. Ils ont été réalisés en calcarénite locale, mais le marbre a été utilisé pour les nus féminins. Ils représentent Héraclès avec l'Amazone, le mariage sacré de Zeus, Artémis et Actéon, Athéna et Encelade. Mais les ruines les plus impressionnantes sont sans doute celles du colossal Temple G, le plus grand des sanctuaires sélinontiques et l'un des plus grands du monde grec. Il mesurait 113,34 mètres de long sur 54,05 mètres de haut. Les colonnes avaient une hauteur de 16,27 mètres et le chapiteau seul faisait 16 mètres au sommet. La hauteur totale était d'environ 30 mètres. On pense que sa construction a commencé vers 530 av. J.-C., mais elle n'a jamais pu être achevée car la destruction de la ville a été précoce. On ne sait pas encore à quelle divinité il a été consacré. Mais on ne se trompe pas si l'on identifie Apollon ou Zeus, grâce à la lecture de la "Grande Table de Selinuntine" déjà mentionnée. Sur la base du même document, il semble probable que le temple ait également été utilisé comme siège du "trésor public", c'est-à-dire comme dépôt sûr pour les objets de valeur de la ville. Le fait que, dans les mêmes années, les Sélinantins érigent leur propre "thesauròs" (leur représentation diplomatique, comme nous dirions aujourd'hui) à Olympie, offrant en cadeau un "sélinon" en or (c'est-à-dire la représentation du symbole végétal de la ville), suggère que le temple colossal était attribué à Zeus, ce qui ne peut être comparé qu'à l'Olympeia de Syracuse et d'Agrigente et à certains temples des colonies grecques d'Asie Mineure. La zone a été densément repeuplée pendant l'occupation punique de la ville avec de nombreuses petites maisons qui utilisaient les ruines existantes comme matériau de construction. Entre les maisons, quartier par quartier, les Puniques ont placé de petites zones sacrées sans critères précis d'urbanisme. Ils consistaient en de simples pièces quadrangulaires où l'on sacrifiait divers animaux sur des autels d'argile improvisés. Les cendres du sacrifice étaient ensuite déposées dans des vases et des amphores de formes diverses dans un coin de la même pièce. En bref, il s'agissait de petits tophet locaux qui n'avaient rien de monumental. En ce qui concerne les monuments sacrés post-grecs, les Puniques seraient lésés si on leur refusait toute intention architecturale. En effet, ils ont construit un petit temple à quatre colonnes frontales avec des colonnes ioniques et un entablement dorique à l'angle du Temple C. Il s'agit du temple B, un exemple typique du mélange de différents ordres en vogue chez les Puniques qui, sans règles architecturales strictes, pouvaient s'adonner à divers types d'éclectisme. Même la fonction cultuelle a dû prendre place dans la dévotion à la figure éclectique d'Asclépios (Eshmun pour les Puniques). Il est probable que cet exemple de mélange architectural et culturel témoigne de la présence de Grecs qui sont restés dans la ville même après la conquête punique. L'acropole et le quartier résidentiel de Manuzza étaient entourés d'un puissant système de murs défensifs qui a été presque entièrement détruit. Les murs visibles aujourd'hui, qui n'entourent que l'acropole, ont été érigés peu avant la chute finale de la ville aux mains des Puniques. Les Puniques ont également apporté des modifications pour rendre leur forteresse bien défendue jusqu'à la conquête romaine de cette partie de l'île. Vers l'est, un imposant mur en escalier frappe immédiatement le visiteur par sa régularité géométrique. Il s'agit d'une section du mur qui, en plus de poursuivre le rideau défensif de l'acropole, a été créée pour contenir un énorme remblai prévu pour l'agrandissement de la terrasse sacrée supérieure. La construction des temples avait, dans la seconde moitié du VIe siècle avant J.-C., créé des problèmes en réduisant considérablement la zone sacrée de l'acropole. En réalité, de tels monuments ne pouvaient pas avoir l'impact visuel que seule une grande esplanade devant eux pouvait offrir. C'est ainsi qu'avec de l'imagination et de l'ingéniosité, deux problèmes ont été résolus avec un seul mur : donner aux temples une dimension monumentale et doter la ville de solides défenses. La position de l'acropole était extrêmement privilégiée en raison de ses protenders.