L'église de Pellizzano est mentionnée pour la première fois dans un parchemin daté du 12 mai 1264, avec l'appellation "Sanctae Mariae" ; sa fondation doit donc être considérée comme antérieure.Cependant, l'église a été officiellement consacrée en 1474, à l'issue d'une rénovation radicale d'un édifice sacré déjà mentionné dans un document de 1265. Les traces de la structure originale se retrouvent dans une fenêtre murée sur la façade orientale et dans les volumes de la façade septentrionale qui entourent les greffes abritant la chapelle dite de Canacci.Des travaux ultérieurs de décoration et de remaniement ont été enregistrés entre le XVe et le XVIe siècle, lorsque la présence de confréries (comme la confrérie dite des Battuti ou des Disciplini) a favorisé le travail d'ouvriers lombards, à qui l'on doit, par exemple, la décoration de la voûte droite (achevée en 1545 par Rocco de Redis de Laina) et la réalisation du porche (construit en 1524 et achevé avec des fresques en 1533 par Simone de Baschenis d'Averano).