L'església de Pellizzano s'esmenta per primera vegada en un pergamí datat el 12 de maig de 1264, amb el nom de "Sanctae Mariae"; el seu fonament s'ha de considerar abans.No obstant això, l'església va ser consagrada oficialment l'any 1474, al final d'una reestructuració radical d'un edifici sagrat ja esmentat en un document de 1265. Les restes de l'estructura original es troben en una finestra tapiada de la façana de llevant i a la volums que, a la façana nord, envolten els empelts que alberguen interiorment l'anomenada Capella Canacci.Les posteriors obres de decoració i remodelació es van registrar entre els segles XV i XVI, quan la presència de confraries (com les anomenades dei Battuti o Disciplini) va afavorir el treball dels obrers de Llombardia, als quals devem, per exemple, la decoració de la volta de la dreta (acabada el 1545 pel lainess Rocco de Redis) i la realització del porxo (construït el 1524 i acabat de pintar al fresc el 1533 per Simone de Baschenis d'Avera).
