Bygningen blev oprindeligt bygget til ære for gudinden Athena, byens protektor. Templet Athena Jomfruen (Parthenon er det græske ord for jomfru) blev bygget efter persiske krige i tak for byens sejr. Det blev bygget på stedet for et tidligere tempel, som perserne havde ødelagt. Som herskere og besættere ændret templet blev brugt til forskellige formål, herunder som en kirke, en moske og en fæstning.
Ved opførelsen af Parthenon brugte arkitekten Entasis optiske illusioner til at skabe et let og forhøjet indtryk. Bunden af søjlerne, stilobaten, kurver lidt opad, og søjlerne svulmer lidt op, når de stiger, hvilket skaber et mere symmetrisk indtryk, når du ser op på bygningen. Basen af Parthenon er 30,9 meter med 69,5 meter; cella (indre kammer) var 29,8 meter med 19,2 meter; der var to kolonnader af doriske søjler, der understøtter taget. Oprindeligt ville Parthenon have været malet med lyseblå lofter og statuerne i lyse farver. I dag kan vi kun se den hvide marmor.
Billedhuggeren Phidias fra det 5.århundrede tog ansvaret for dekorationen, og midtstykket var en 12, 19 meter høj skulptur af Athena. Ved 438BC var bygningen færdig, men udsmykningen fortsatte yderligere 5 år. Desværre blev der foretaget strukturelle ændringer i forskellige epoker for at imødekomme bygningens skiftende funktioner. For eksempel blev de indre søjler fjernet for at gøre templet til en kirke, og når de blev omdannet til en moske, blev der tilføjet en minaret. Strukturen led i hænderne på vandaler, naturkatastrofer og turister, der stjal stykker af templet for at tage hjem. I 1687 blev taget af Parthenon ødelagt, da venetianerne angreb byen, og de forsvarende osmannere gjorde det til en pistolpulveropbevaring. En skal eksploderede og forårsagede uoprettelig skade. Lord Elgin spillede en stor rolle i "voldtægt" af Parthenon, da han bar en stor del af skulpturerne og arkitektoniske stykker af. Denne samling, kendt som Elgin Marbles, vises nu i British Museum of London. Andre skulpturer endte i Paris og København. Mange af Parthenon-skulpturerne kan ses på Akropolis-museet i Athen.
Efter oprettelsen af en græsk stat i 1832 blev de nyere arkitektoniske tilføjelser fjernet, og meget af Akropolis og Parthenon blev restaureret.
