På den plats där Sankt Peter sägs ha korsfästs nämns förekomsten av ett kloster redan under första hälften av nionde århundradet. År 1472 återställdes de helt förfallna byggnaderna, klostret utvidgades och den gamla kyrkan revs. Projektet av den nya tillskrivs av vissa till Baccio Pontelli, av andra till Meo del Caprino. År 1876 överläts klostret av savojstaten till Spanien, som det fortfarande tillhör, och från detta avsett att säte för Spaniens Kungliga Akademi i Rom. Kyrkan är utsmyckad med konstnärliga mästerverk av XVI och XVII århundraden. Det första kapellet till höger innehåller Flagellationen och Transfigurationen av Sebastiano del Piombo; den andra har en fresco hänförlig till Pomarancio, några fresker från skolan Pinturicchio och en sibyl allegorisk hänförd till Baldassarre Peruzzi. Kapellet i berget och den föregående innehåller fresker av Giorgio Vasari. Altaret tillskrivs Giulio Mazzoni, medan begravnings monument kardinal del Monte och Roberto Nobili är av Bartolomeo Ammannati. På den första gården av klostret finns det så kallade templet Bramante, som går tillbaka till början av 1500-talet och anses av kritiker ett av de viktigaste exemplen på renässansarkitektur. Det är ett litet festligt monument, förhöjt och perifert, tillägnat St Peters martyrdom. Templet har en cylindrisk kropp huggen av ljusare nischer och omgiven av en toskansk pelargång.