2001. aastal avas kardinal Carlo Maria Martini, kellele see siis 2017. aastal nimetati, muuseum on olulise projekti saabumispunkt, millele mõned kahekümnenda sajandi Milanese peapiiskoppide suurimad arvud on andnud oma otsustava panuse. Selle päritolu pärineb 1931. aastal õnnistatud Ildefonso Schusteri esimesest intuitsioonist, Seejärel asus kardinal Montini 1960. aastal, mis näitab uue muuseumi asukohana sant ' eustorgio kloostreid, mis on üks ambrosiaani kristluse ajaloo pöördelisi kohti. Lõpuks, kardinal Martini, kaheksakümnendatel, oli usaldatud raske ülesanne alustada rekonstrueerimistööd kloostrid, halvasti kahjustatud pommitamine Teise maailmasõja, usaldatud Belgiojoso stuudio.Esimene dominikaani klooster Milanos asus siin, alates kolmeteistkümnendast sajandist, ja kaks kloostrit, kus asuvad sant ' eustorgio basiilika muuseum ja Piiskopkonna muuseum, on see, mis jääb sellest iidsest kloostrist.
Piiskopkonna muuseumi püsikollektsioon, mis asub teises kloostris, koosneb enam kui tuhandest teosest II ja XXI sajandi vahel. Peapiiskopi kabinetist tulid Milanese peapiiskoppide kogud (osa Monti, Visconti, Riccardi, Pozzobonelli kollektsioonist ja täielik Erba Odescalchi kollektsioon).
Lisaks piiskopkonna kirikute maalidele säilitab muuseum märkimisväärse hulga liturgilise mööbli teoseid. Kogumine on lõpetatud osa, mis on pühendatud kuld vahendite (töötab Neljateistkümnendal ja viieteistkümnendal sajandil, peamiselt Toscana, kogutud Prof. Alberto Crespi ja annetatud muuseum), samuti skulptuurid ja maalid kogumise Caterina Marcenaro, joonised alates Sozzani kogumise ja vääris Schubert pärand.
Lõpuks lisati Lucio Fontana skulpturaalsete teoste esimesele tuumale arvukad XX ja XXI sajandi teosed, mis on muuseumi kasvav huvi kaasaegsuse vastu.
