2001 yılında Kardinal Carlo Maria Martini tarafından açılan ve daha sonra 2017 yılında adını alan müze, yirminci yüzyılın Milan Başpiskoposlarının en büyük figürlerinden bazılarının belirleyici katkılarını verdiği önemli bir projenin varış noktasıdır. Kökeni geri Yeni Müze koltuk olarak gösteren 1931 yılında Mübarek İldefonso Schuster ilk bir sezgi, o zaman Kardinal Montini tarafından 1960 yılında çekilen güncel Sant'eustorgio, Ambrosian Hıristiyanlık tarihi için çok önemli yerlerden birini sunmaktadır. Son olarak, Kardinal Martini, seksenli yıllarda, Belgiojoso stüdyosuna emanet edilen İkinci Dünya Savaşı'nın bombalanmasından ağır hasar gören manastırların yeniden inşası çalışmalarına başlama zor göreviyle görevlendirildi.Milano'daki ilk Dominik Manastırı, onüçüncü yüzyıldan başlayarak burada bulunuyordu ve Sant'eustorgio Bazilikası Müzesi ve Piskoposluk Müzesi'nin bulunduğu iki Manastır, bu antik manastırın kalıntılarıdır.
İkinci Manastırı işgal eden Piskoposluk Müzesi'nin kalıcı koleksiyonu, II ve XXI yüzyıllar arasında binden fazla eserden oluşuyor. Başpiskoposun ofisinden Milan başpiskoposlarının koleksiyonları geldi (Monti, Visconti, Riccardi, Pozzobonelli koleksiyonunun bir parçası ve Erba Odescalchi koleksiyonunun tamamı).
Piskoposluk kiliselerinden gelen resimlere ek olarak, müze önemli bir ayin mobilya eser grubunu korumaktadır. Koleksiyon 14. ve 15. yüzyılın (eserler, çoğunlukla Toskana, Prof. Alberto Crespi tarafından toplanan ve müzeye bağışladı), yanı sıra heykeller ve resimler altın fonlarına Caterina Marcenaro, Sozzani koleksiyonundan çizimler ve değerli Schubert mirası koleksiyonundan özel bir bölüm ile tamamlanmıştır.
Son olarak, Lucio Fontana'nın heykel eserlerinin ilk çekirdeğine, XX ve XXI yüzyılların sayısız eseri, müzenin çağdaşlığa olan ilgisinin bir Deklarasyonu eklendi.
