El centre habitat de Porto Santo Stefano es desenvolupa al llarg dels dos ports. El port comercial, el més gran, és el primer que es troba en entrar a la població, on atraquen els vaixells de pesca i els ferris cap a les illes de Giglio i Giannutri. El petit port de Pilarella, en canvi, és el lloc per passejar i relaxar-se a Porto Santo Stefano. S'hi pot arribar pel passeig dissenyat per Giorgetto Giugiaro, aquí les taules dels bars i restaurants tenen vistes al mar i permeten degustar la cuina local amb total relaxació mentre admira el panorama d'aquest encantador poble costaner. Per la seva excel·lent posició geogràfica segurament ja era freqüentada pels antics pobles que navegaven pel Mediterrani. No obstant això, només els romans han deixat rastres tangibles de la seva remota presència, inclosa la vil·la imperial dels Domizi Enobarbi del segle I aC. En els seus mapes, els romans indicaven Porto S. Stefano amb diversos noms, com Portus Traianus, Portus ad Cetarias o Portus Incitaria. Sota el domini sienès que va des de principis del segle XV. a mitjans del segle XVI a Porto S. Stefano només hi havia un desembarcament d'importància irrellevant i subjecte a freqüents incursions de pirates. D'aquesta època es remunta la construcció de la Torre dell'Argentiera (probablement l'any 1442) i d'algunes torres costaneres. El desenvolupament del centre només va començar cap al 1550 sota el governador espanyol Núñez Orejon de Avila, i va continuar de la mà de la creació de l'estat de Presidi i la construcció de la fortalesa espanyola (inicis del segle XVII) col·locada per controlar el port. . El 9 de maig de 1646 Porto S. Stefano va ser conquerit pels francesos i després va tornar sota la dominació espanyola el juliol del mateix any, el 1707 juntament amb tot l'estat de les guarnicions va ser conquerit pels austríacs, el 1737 pertanyia als borbònics. i en aquest període va registrar el primer desenvolupament demogràfic derivat de l'assentament al lloc de moltes famílies procedents de la zona napolitana, de l'illa d'Elba i de la Ligúria. El 1801 es va unir al regne d'Etrúria i el 1815 amb el tractat de Viena va ser assignat al Gran Ducat de Toscana. El 1842 el Gran Duc Leopold II va establir la comunitat de Monte Argentario, on Porto Santo Stefano era la capital i Porto Ercole la fracció. Finalment el 1860 juntament amb tota la Toscana va anar a unir-se al Regne d'Itàlia. La fortalesa espanyola és l'edifici més interessant del país; va ser construït durant el viceregnat de Don Parafan de Ribera i donat el limitat espai dedicat a l'allotjament, molt probablement tingués més funcions d'observació que de defensa.També cal destacar la presència de nombroses torres costaneres a més de l'esmentada Torre dell'Argentiera, lluny del mar situada al turó homònim, fa 25 metres d'alçada, de planta quadrada i no hi ha portes d'entrada sinó una única obertura en la paret del mig. Fins al final de la Segona Guerra Mundial, les principals fonts de l'economia de Santo Stefano estaven representades per l'agricultura, la pesca i la navegació. Des dels anys seixanta, en canvi, el sector turístic s'ha desenvolupat considerablement, esdevenint el principal recurs de l'economia del país.
