Area yang dibangun di Porto Santo Stefano berkembang di sepanjang dua pelabuhan. Pelabuhan komersial, yang lebih besar, adalah pelabuhan pertama yang Anda temui saat memasuki kota; kapal-kapal nelayan berlabuh di sana dan kapal feri menuju pulau Giglio dan dermaga Giannutri. Di sisi lain, pelabuhan kecil Pilarella adalah tempat untuk berjalan-jalan dan bersantai di Porto Santo Stefano. Anda bisa sampai di sana dengan berjalan kaki di sepanjang kawasan pejalan kaki yang dirancang oleh Giorgetto Giugiaro. Di sini, meja-meja bar dan restoran kecil menghadap ke laut dan memungkinkan Anda untuk mencicipi masakan lokal dengan relaksasi total sambil mengagumi panorama desa tepi pantai yang mempesona ini. Karena posisi geografisnya yang sangat baik, tempat ini pasti sudah sering dikunjungi oleh orang-orang kuno yang berlayar di Mediterania. Namun, hanya bangsa Romawi yang meninggalkan jejak nyata kehadiran mereka di tempat terpencil ini, termasuk vila kekaisaran Domizi Enobarbi dari abad ke-1 SM. Bangsa Romawi menyebut Porto S. Stefano dalam peta mereka dengan berbagai nama, seperti Portus Traianus, Portus ad Cetarias, atau Portus Incitaria. Di bawah dominasi Siena dari awal abad ke-15 hingga pertengahan abad ke-16, Porto S. Stefano hanyalah sebuah pelabuhan yang tidak penting dan sering menjadi sasaran serangan bajak laut. Pembangunan Menara Argentiera (mungkin pada tahun 1442) dan beberapa menara pesisir berasal dari periode ini. Pengembangan pusat kota baru dimulai sekitar tahun 1550 di bawah Gubernur Spanyol Nunez Orejon de Avila, dan berlanjut bersamaan dengan pembentukan Negara Presidi dan pembangunan benteng Spanyol (awal abad ke-17) untuk mengendalikan pelabuhan. Pada tanggal 9 Mei 1646, Porto S. Stefano ditaklukkan oleh Prancis dan kemudian dikembalikan di bawah kekuasaan Spanyol pada bulan Juli tahun yang sama. Pada tahun 1707, bersama dengan seluruh Stato dei Presidi, kota ini ditaklukkan oleh Austria, pada tahun 1737 kota ini menjadi milik Bourbon, dan pada periode ini terjadi perkembangan demografis pertama yang dihasilkan dari pemukiman banyak keluarga dari Napoli, pulau Elba, dan Liguria. Pada tahun 1801, daerah ini bergabung dengan Kerajaan Etruria dan pada tahun 1815, melalui Perjanjian Wina, daerah ini diserahkan kepada Kadipaten Agung Tuscany. Pada tahun 1842, Adipati Agung Leopold II mendirikan komunitas Monte Argentario, di mana Porto Santo Stefano mewakili ibu kota dan Porto Ercole sebagai dusun. Akhirnya, pada tahun 1860, bersama dengan seluruh Tuscany, bergabung dengan Kerajaan Italia. Benteng Spanyol adalah bangunan paling menarik di kota ini; dibangun pada masa pemerintahan Don Parafan de Ribera dan, mengingat terbatasnya ruang yang didedikasikan untuk akomodasi, kemungkinan besar benteng ini lebih berfungsi sebagai tempat pengamatan daripada sebagai tempat pertahanan.Ada juga beberapa menara pantai selain Torre dell'Argentiera yang disebutkan di atas, jauh dari laut yang terletak di atas bukit dengan nama yang sama, tingginya 25 meter, berdenah persegi dan tidak ada pintu masuk tetapi hanya satu lubang di tengah dinding. Hingga akhir Perang Dunia Kedua, sumber utama ekonomi Santo Stefano adalah pertanian, perikanan dan perkapalan. Namun, sejak tahun 1960-an, sektor pariwisata telah berkembang pesat dan menjadi sumber utama perekonomian kota ini.
