Zona construită din Porto Santo Stefano se dezvoltă de-a lungul a două porturi. Portul comercial, cel mai mare, este primul pe care îl întâlniți la intrarea în oraș; aici acostează bărcile de pescuit și andochează feriboturile către insulele Giglio și Giannutri. Portul mic Pilarella, pe de altă parte, este locul de plimbare și relaxare în Porto Santo Stefano. Se ajunge acolo mergând pe promenada proiectată de Giorgetto Giugiaro. Aici, mesele barurilor și restaurantelor mici au vedere spre mare și vă permit să gustați din bucătăria locală într-o relaxare totală, admirând în același timp panorama acestui sat fermecător de pe malul mării. Datorită poziției sale geografice excelente, a fost cu siguranță deja frecventat de popoarele antice care navigau pe Mediterana. Cu toate acestea, doar romanii au lăsat urme tangibile ale prezenței lor îndepărtate, inclusiv vila imperială a Domizi Enobarbi din secolul I î.Hr. Romanii se refereau la Porto S. Stefano în hărțile lor sub diferite denumiri, cum ar fi Portus Traianus, Portus ad Cetarias sau Portus Incitaria. Sub dominația sieneză de la începutul secolului al XV-lea până la mijlocul secolului al XVI-lea, Porto S. Stefano a fost doar un port de escală lipsit de importanță și supus unor frecvente raiduri ale piraților. Construcția Turnului Argentiera (probabil în 1442) și a unor turnuri de coastă datează din această perioadă. Dezvoltarea centrului a început abia în jurul anului 1550, sub guvernatorul spaniol Nunez Orejon de Avila, și a continuat în tandem cu crearea statului Presidi și cu construcția fortăreței spaniole (începutul secolului al XVII-lea) pentru a controla portul. La 9 mai 1646, Porto S. Stefano a fost cucerit de francezi și apoi a revenit sub stăpânire spaniolă în luna iulie a aceluiași an. În 1707, împreună cu întregul Stato dei Presidi, a fost cucerit de austrieci, în 1737 a aparținut Bourbonilor, iar în această perioadă a avut loc prima dezvoltare demografică rezultată în urma instalării a numeroase familii din Napoli, insula Elba și Liguria. În 1801, s-a alăturat Regatului Etruriei, iar în 1815, prin Tratatul de la Viena, a fost atribuită Marelui Ducat de Toscana. În 1842, Marele Duce Leopold al II-lea a înființat comunitatea Monte Argentario, unde Porto Santo Stefano reprezenta capitala, iar Porto Ercole cătunul. În cele din urmă, în 1860, împreună cu întreaga Toscana, s-a alăturat Regatului Italiei. Fortăreața spaniolă este cea mai interesantă clădire din oraș; a fost construită în timpul viceregatului lui Don Parafan de Ribera și, având în vedere spațiul limitat dedicat cazării, cel mai probabil avea mai degrabă o funcție de vizitare decât una defensivă.Există, de asemenea, mai multe turnuri de coastă, pe lângă Torre dell'Argentiera, menționat mai sus, departe de mare, situat pe dealul cu același nume; are o înălțime de 25 de metri, are un plan pătrat și nu are uși de intrare, ci doar o singură deschidere în mijlocul zidului. Până la sfârșitul celui de-al Doilea Război Mondial, principalele surse ale economiei din Santo Stefano erau agricultura, pescuitul și transportul maritim. Începând cu anii 1960, însă, sectorul turismului s-a dezvoltat considerabil, devenind principala resursă în economia orașului.