Porto Santo Stefano'nun yerleşim alanı iki liman boyunca gelişmektedir. Daha büyük olan ticari liman, kasabaya girdiğinizde karşınıza çıkan ilk limandır; balıkçı tekneleri buraya demirler ve Giglio ve Giannutri adalarına giden feribotlar buraya yanaşır. Pilarella'nın küçük limanı ise Porto Santo Stefano'da gezinmek ve dinlenmek için ideal bir yerdir. Buraya Giorgetto Giugiaro tarafından tasarlanan gezinti yolu boyunca yürüyerek ulaşabilirsiniz. Burada, barların ve küçük restoranların masaları denize bakar ve bu büyüleyici sahil köyünün panoramasına hayran kalırken tam bir rahatlama içinde yerel mutfağı tatmanıza olanak tanır. Mükemmel coğrafi konumu nedeniyle, Akdeniz'e yelken açan eski halkların uğrak yeri olduğu kesindir. Ancak sadece Romalılar, M.Ö. 1. yüzyıldan kalma Domizi Enobarbi'nin imparatorluk villası da dahil olmak üzere uzaktaki varlıklarına dair somut izler bırakmışlardır. Romalılar haritalarında Porto S. Stefano'dan Portus Traianus, Portus ad Cetarias veya Portus Incitaria gibi çeşitli isimlerle bahsetmişlerdir. Porto S. Stefano, 15. yüzyılın başından 16. yüzyılın ortalarına kadar Sienese egemenliği altında sadece önemsiz bir uğrak limanıydı ve sık sık korsan baskınlarına maruz kalıyordu. Argentiera Kulesi'nin (muhtemelen 1442 yılında) ve bazı kıyı kulelerinin inşası bu döneme dayanmaktadır. Merkezin gelişimi İspanyol Vali Nunez Orejon de Avila döneminde 1550 yılına kadar başlamamış ve Presidi Devleti'nin kurulması ve limanı kontrol etmek için İspanyol kalesinin (17. yüzyılın başları) inşa edilmesiyle birlikte devam etmiştir. 9 Mayıs 1646'da Porto S. Stefano Fransızlar tarafından fethedilmiş ve aynı yılın Temmuz ayında İspanyol egemenliğine geri dönmüştür. 1707'de tüm Stato dei Presidi ile birlikte Avusturyalılar tarafından fethedilmiş, 1737'de Bourbonlara ait olmuş ve bu dönemde Napoli, Elba adası ve Liguria'dan birçok ailenin yerleşmesinden kaynaklanan ilk demografik gelişme yaşanmıştır. 1801 yılında Etruria Krallığı'na katılmış ve 1815 yılında Viyana Antlaşması ile Toskana Büyük Dükalığı'na bağlanmıştır. 1842 yılında Grandük Leopold II, Porto Santo Stefano'nun başkenti ve Porto Ercole'nin mezrayı temsil ettiği Monte Argentario topluluğunu kurmuştur. Son olarak, 1860 yılında tüm Toskana ile birlikte İtalya Krallığı'na katılmıştır. İspanyol kalesi kasabadaki en ilginç yapıdır; Don Parafan de Ribera'nın genel valiliği sırasında inşa edilmiştir ve konaklama için ayrılan sınırlı alan göz önüne alındığında, büyük olasılıkla savunma işlevinden çok gözetleme işlevine sahipti.Yukarıda bahsi geçen Torre dell'Argentiera'ya ek olarak birkaç kıyı kulesi daha vardır, denizden uzakta aynı adı taşıyan tepede yer alır, 25 metre yüksekliğindedir, kare planlıdır ve giriş kapısı yoktur, sadece duvarın ortasında bir açıklık vardır. İkinci Dünya Savaşı'nın sonuna kadar Santo Stefano ekonomisinin ana kaynakları tarım, balıkçılık ve gemicilikti. Ancak 1960'lardan bu yana turizm sektörü önemli ölçüde gelişerek kasaba ekonomisinin ana kaynağı haline gelmiştir.