Inne i citadellet kan du också besöka Muhammad Alis palats Harem. Museet i prins Muhammad Alis palats i Manial är ett av de vackraste och viktigaste historiska museerna i Egypten. Museet visar en viktig period i det moderna Egyptens historia och kännetecknas av sin arkitektoniska utformning. Dess moderna islamiska stil smälter samman med persiska och mamlukiska element. Den har också inspirerats av syriska, marockanska och andalusiska motiv samt ottomansk stil. Byggnaden harmoniserar således mellan ett antal islamiska arkitektoniska traditioner.
Prins Muhammad Ali Tawfiks palats uppfördes mellan 1319- 1348 e.Kr. 1900-1929 e.Kr. och består av en yttre mur som omger ingången till palatset. Innanför murarna finns receptionen, klocktornet, Sabil, moskén, jaktmuseet, bostadsområdet, tronsalen, det privata museet och den gyllene salen, förutom den underbara trädgården som omger palatset. Receptionspalatset är det första du ser när du kommer in i palatset. Dess storslagna salar som är överdådigt dekorerade med kakel, ljuskronor och snidade tak var avsedda för att ta emot prestigefyllda gäster, såsom den berömda franska kompositören Camille Saint-Saëns som genomförde privata konserter och komponerade en del av sin musik i palatset, bland annat pianokonsert nr. 5 med titeln "The Egyptian". Receptionssalen innehåller sällsynta antikviteter, bland annat mattor, möbler och dekorerade arabiska bord. Det sägs att prinsen hade ett team som hade till uppgift att leta efter sällsynta artefakter och föra dem till honom för att han skulle kunna visa dem i sitt palats och museum.
Palatset består av två våningar. Den första innehåller hedersrummet för att ta emot statsmän och ambassadörer och mottagningshallen för äldre troende som sitter med prinsen före fredagsbönen varje vecka, och den övre innehåller två stora salar, varav den ena är utformad i marockansk stil, där väggarna var täckta med speglar och fajansplattor, medan den andra salen var utformad i levantinsk stil, där väggarna är täckta med trä med färgglada geometriska och blommiga motiv med koranskrifter och poesiverser.
Bostadspalatset är lika imponerande, och ett av de mest utsökta föremålen där är en säng gjord av 850 kg rent silver som tillhörde prinsens mor. Detta är huvudpalatset och den första byggnaden som uppfördes. Det består av två våningar som är förbundna med en stege. På första våningen finns fontänfoajén, haramlik, spegelrummet, det blå salongsrummet, salongsrummet med snäckskal, shekma, matsalen, kammarrummet samt prinsens kontor och bibliotek. Det mest intressanta rummet är kanske den blå salongen med sina lädersoffor som är uppspända mot väggarna som är dekorerade med blå fajansplattor och orientalistiska oljemålningar.
Därefter följer Tronpalatset som är helt fantastiskt att beskåda. Det består av två våningar, den nedre kallas Tronsalen och taket är täckt av en solskiva med gyllene strålar som når ut till rummets fyra hörn. Soffan och stolarna är klädda med velour och rummet kantas av stora bilder av några av Egyptens härskare från Mohamed Alis familj, samt av målningar av landskap från hela Egypten. Det är här som prinsen tog emot sina gäster vid vissa tillfällen, till exempel under helgdagar. Övervåningen består av två salar för vintersäsongen och ett sällsynt rum som kallas Aubussonkammaren eftersom alla dess väggar är täckta med den franska Aubusson-strukturen. Det är tillägnat samlingen av Ilhami Pasha, prins Mohamed Alis morfar i mödraväldet.
Ett annat stort rum är den gyllene salen, som kallas så eftersom alla väggar och taket är dekorerade med guld, och som användes för officiella festligheter, trots att den saknar antikviteter. Kanske förklaras detta av att dess väggar och tak är täckta av snidade förgyllda blommiga och geometriska motiv. Prins Mohamed Ali flyttade faktiskt denna sal från sin farfar Ilhami Pashas hus, som ursprungligen byggde den för att ta emot sultan Abdul Majid I, som närvarade för att hedra Ilhami Pasha i samband med hans seger mot det ryska imperiet i Krimkriget.
Moskén i anslutning till palatset har ett rokokoinspirerat tak och en mihrab (nisch) dekorerad med blå keramikplattor, och till höger finns en liten minbar (predikstol) dekorerad med förgyllda ornament. Det keramiska arbetet skapades av den armeniska keramikern David Ohannessian, ursprungligen från Kutahya. Moskén har två iwans, taket i den östra iwan är i form av små gula glaskupoler, medan den västra iwan är dekorerad med solstråledekorationer.
Ett klocktorn ligger i palatset ligger mellan receptionshallen och moskén. Det integrerar stilarna från andalusiska och marockanska torn som användes för att observera och sända meddelanden genom eld på natten och rök på dagen, och fäst vid det är en klocka placerad högst upp och dess visare är i form av två ormar. I botten av tornet finns koranskrifter precis som många andra delar av palatset.
Palatsets utformning integrerar europeisk art nouveau och rokoko med traditionella islamiska arkitektoniska stilar, såsom mamlukisk, ottomansk, marockansk, andalusisk och persisk. Under den kungliga eran höll prins Mohamed Ali många fester och möten där för landets främsta paschaer och ministrar, dignitärer, författare och journalister. Prinsen bad att palatset skulle omvandlas till ett museum efter hans död.
Efter revolutionen 1952 beslagtogs egendomarna för Mohamed Ali Pashas ättlingar och palatset förvandlades till museum och allmänheten fick äntligen se med egna ögon den prakt som kungafamiljerna levde i.