Binnen de Citadel kunt u ook het Harem Paleis van Muhammad Ali bezoeken. Het Museum van het Paleis van Prins Muhammad Ali in Manial is een van de mooiste en belangrijkste historische musea in Egypte. Het museum toont een belangrijke periode in de geschiedenis van het moderne Egypte en wordt gekenmerkt door zijn architectonische vormgeving. De moderne islamitische stijl versmelt met Perzische en Mamlukse elementen. Het is ook geïnspireerd op Syrische, Marokkaanse en Andalusische motieven, evenals op de Ottomaanse stijl. Het gebouw harmonieert dus tussen een aantal islamitische architectonische tradities.
Het paleis van prins Muhammad Ali Tawfik werd opgericht tussen 1319- 1348 AH/ 1900-1929 AD en bestaat uit een buitenmuur die de ingang van het paleis omringt. Binnen de muren bevinden zich de ontvangstruimte, de klokkentoren, de Sabil, de moskee, het jachtmuseum, de woonvertrekken, de troonzaal, het privémuseum en de gouden zaal, naast de prachtige tuin die het paleis omringt. Het Ontvangstpaleis is het eerste wat u ziet als u het paleis binnenkomt. De grote zalen, rijkelijk versierd met tegels, kroonluchters en gebeeldhouwde plafonds, werden ontworpen voor de ontvangst van prestigieuze gasten, zoals de beroemde Franse componist Camille Saint-Saëns, die in het paleis privéconcerten gaf en een deel van zijn muziek componeerde, waaronder Pianoconcert nr. 5 getiteld "De Egyptenaar". De ontvangsthal bevat zeldzame antiquiteiten, waaronder tapijten, meubels en versierde Arabische tafels. Er wordt gezegd dat de prins een team had dat zeldzame artefacten moest zoeken en naar hem toe brengen om ze in zijn paleis en museum tentoon te stellen.
Het paleis bestaat uit twee verdiepingen. De eerste bevat de erezaal om staatslieden en ambassadeurs te ontvangen, en de ontvangstzaal voor oudere gelovigen om elke week voor het vrijdaggebed bij de prins te zitten, en de bovenste omvat twee grote zalen, waarvan de ene is ontworpen in de Marokkaanse stijl, waar de muren zijn bedekt met spiegels en faience tegels, terwijl de andere zaal is ontworpen in de Levantijnse stijl, waar de muren zijn bedekt met hout met kleurrijke geometrische en florale motieven met Koran geschriften en dichtregels.
Het woonpaleis is al even indrukwekkend, en een van de meest exquise stukken daar is een bed gemaakt van 850 Kg puur zilver dat toebehoorde aan de moeder van de prins. Dit is het belangrijkste paleis en het eerste gebouw dat werd gebouwd. Het bestaat uit twee verdiepingen die door een ladder met elkaar verbonden zijn. De eerste verdieping omvat de fontein foyer, de haramlik, de spiegelkamer, de blauwe salonkamer, de zeeschelp salonkamer, de Shekma, de eetkamer, de open haard kamer, en het kantoor en de bibliotheek van de Prins. De meest interessante kamer is wellicht de Blauwe Salon met zijn lederen sofa's tegen de met blauwe faience tegels en oriëntalistische olieverfschilderijen versierde muren.
Daarna is er het Troonpaleis, dat heel mooi is om te zien. Het bestaat uit twee verdiepingen, de onderste heet de Troonzaal, het plafond is bedekt met een zonneschijf met gouden stralen die naar de vier hoeken van de kamer reiken. De bank en stoelen zijn bekleed met velours, en de kamer is bekleed met grote foto's van enkele heersers van Egypte uit de familie van Mohamed Ali, en met schilderijen van landschappen uit heel Egypte. Hier ontving de prins zijn gasten bij bepaalde gelegenheden, zoals feestdagen. De bovenverdieping bestaat uit twee zalen voor het winterseizoen, en een zeldzame zaal die de Aubussonzaal wordt genoemd omdat alle muren ervan bedekt zijn met de textuur van het Franse Aubusson. Het is gewijd aan de collectie van Ilhami Pasja, de grootvader van moederszijde van Prins Mohamed Ali.
Een andere grote zaal is de Gouden Zaal, zo genoemd omdat alle muren en het plafond met goud zijn versierd. Deze zaal werd gebruikt voor officiële vieringen, hoewel er geen antiek in is verwerkt. Misschien is dit te verklaren door het feit dat de muren en het plafond bedekt zijn met gebeeldhouwde vergulde bloem- en geometrische motieven. Prins Mohamed Ali heeft deze zaal verplaatst uit het huis van zijn grootvader, Ilhami Pasja, die hem oorspronkelijk had gebouwd om sultan Abdul Majid I te ontvangen, die aanwezig was om Ilhami Pasja te eren ter gelegenheid van zijn overwinning op het Russische Rijk in de Krimoorlog.
De moskee bij het paleis heeft een op rococo geïnspireerd plafond en een mihrab (nis) versierd met blauwe keramische tegels, en rechts is er een kleine minbar (preekstoel) versierd met vergulde ornamenten. Het keramische werk is gemaakt door de Armeense keramist David Ohannessian, oorspronkelijk uit Kutahya. De moskee heeft twee iwans, het plafond van de oostelijke iwan heeft de vorm van kleine gele glazen koepels, terwijl de westelijke iwan is versierd met zonnestraalversieringen.
Tussen de ontvangsthal en de moskee ligt een klokkentoren in het paleis. Hij integreert de stijlen van Andalusische en Marokkaanse torens die werden gebruikt om 's nachts met vuur en overdag met rook berichten waar te nemen en te versturen, en er is een klok aan vastgemaakt die bovenaan is geplaatst en waarvan de wijzers de vorm hebben van twee slangen. De onderkant van de toren is voorzien van Koran geschriften, net als vele andere delen van het paleis.
Het ontwerp van het paleis integreert Europese Art Nouveau en Rococo met traditionele islamitische bouwstijlen, zoals Mamluk, Ottomaans, Marokkaans, Andalusisch en Perzisch. Tijdens de koninklijke periode hield prins Mohamed Ali er vele feesten en bijeenkomsten voor de belangrijkste pasja's en ministers van het land, hoogwaardigheidsbekleders, schrijvers en journalisten. De prins vroeg dat het paleis na zijn dood zou worden omgevormd tot een museum.
Na de revolutie van 1952 werden de eigendommen van de afstammelingen van Mohamed Ali Pasja in beslag genomen, en werd het paleis omgevormd tot een museum en kon het publiek eindelijk met eigen ogen zien in welke grandeur de koninklijke families leefden.