Püha Martini katedraali Eisenstadtis mainiti esmakordselt 1264.aastal. Sellest kabelist on praeguse koori piirkonnas endiselt romaani vundamendi jäänuseid. 13. sajandil laiendati kabelit varajase gooti koori lisamisega. 14. sajandil lisati ilmikute Kabel. 1460. aastal ehitati kirik linnakapten Johann Siebenhirteri käe all kindlustatud või kaitsekirikuks, kuna pärast Konstantinoopoli langemist 1453.aastal oli oodata türklaste rünnakut. Gooti stiilis hoone valmis 1522.aastal. Pärast 1589. aasta suurt tulekahju möödus peaaegu 30 aastat, enne kui tõsiselt kahjustatud kirik ehitati aastatel 1610-1629.
1777.aastal suur altarimaal kõrval Stefan Dorffmeister lisati, kujutades Püha Martini ümberkujundamist. Järgmisel aastal paigaldas Viini oreliehitaja Malleck oreli Joseph Haydni juhiste järgi.
Pärast Eisenstadti piiskopkonna loomist tõsteti Püha Martini kirik 1960.aastal katedraali auastmele. Püha Martinist sai piiskopkonna ja maa kaitsepühak. Piiskop Stephan L Krassszl Pirini käe all uuendati 1960.aastal interjööri ja aknaid.
Katedraal on kuulus oma kirikumuusika poolest. Siin toimuvad ka iga-aastase Haydni festivali kontserdid. Aastatel 2002/2003 renoveeriti katedraal uuesti, renoveeriti interjöör. Kaasaegse sisustuse kujundas kunstnik Brigitte Kowanz.
