Anfang des 19. Jahrhunderts befand sich auf dem Grundstück, auf dem später der Präsidentenpalast stand, ein Salzlager. Einer der erfolgreichsten Kaufleute Helsinkis, Johan Henrik Heidenstrauch, kaufte das Grundstück und baute dort sein Haus. Das von Pehr Granstedt entworfene Heidenstrauch-Haus erregte Aufsehen, weil es weitaus prächtiger war als die typischen Kaufmannshäuser jener Zeit. Die Behörden wurden aufmerksam, und das Haus wurde 1837 für den finnischen Generalgouverneur gekauft.
Auch Zar Nikolaus I. erkannte das Potenzial des Hauses und verlangte, dass das Gebäude seine offizielle Residenz in Helsinki wurde. Der Palast wurde zwischen 1843 und 1845 renoviert. Während dieser Zeit wurde ein neuer Flügel mit einer Kapelle, einem Bankettsaal, einer Küche und einem Ballsaal angebaut. Die kaiserliche Familie nutzte das Haus erst 1854, als der Großherzog Konstantin für einen Monat zu Besuch kam. Das letzte Mal, dass die kaiserliche Familie das Gebäude nutzte, war ein eintägiger Besuch von Nikolaus II. im Jahr 1915.
Während des Ersten Weltkriegs wurde der Palast als Lazarett genutzt. Als der Zar/Großherzog von Finnland 1917 abdankte, ging der Palast in den Besitz des Senats über. Dieser benannte das Gebäude um und nutzte es bis zum Ende des finnischen Bürgerkriegs als Hauptquartier. Danach wurde der ehemalige Kaiserpalast von deutschen und weißfinnischen Militärs, als mögliche Residenz von Prinz Friedrich und als Außenministerium genutzt.
Als Finnland 1919 eine neue Verfassung verabschiedete, wurde das Gebäude zur offiziellen Residenz des Präsidenten bestimmt. Der ehemalige kaiserliche Palast wurde repariert und seine ursprüngliche Einrichtung wiederhergestellt. Bis auf drei Ausnahmen beherbergte der Präsidentenpalast bis 1993 alle finnischen Präsidenten. Heute wohnt der Präsident in Mäntyniemi, einer Residenz am Meer im Westen Helsinkis.
