Muzej je bil zgrajen med letoma 1933 in 1939, da bi vanj umestili dve velikanski ladji, ki sta pripadali cesarju Kaliguli (37-41 n. št.) in sta bili najdeni v jezeru med letoma 1929 in 1931. Zato je bil prvi muzej v Italiji, ki je bil zgrajen za njegovo vsebino, dva trupa, velika 71,30 x 20 m in 73 x 24 m, ki sta bila žal uničena v požaru leta 1944. Muzej je bil ponovno odprt leta 1953, leta 1962 so ga ponovno zaprli, nazadnje pa so ga ponovno odprli leta 1988.
V novi postavitvi je levo krilo namenjeno ladjam, med katerimi so razstavljeni nekateri materiali, kot so rekonstrukcija strehe z bronastimi ploščicami, dve sidrišči, obloga premčnega kolesa, nekaj originalne ali rekonstruirane opreme na ladji (norija, batna črpalka, blok, platforma na krogličnih ležajih). Na ogled sta tudi dva modela ladij v merilu 1:5 in rekonstrukcija krmarskega apostikula prve ladje v polnem merilu, na katerega so bile postavljene bronaste kopije škatel s ferinskimi protomi.
Desno krilo pa je posvečeno poselitvi albanskega ozemlja v republikanski in cesarski dobi, s posebnim poudarkom na kultnih krajih; tu je razstavljeno votivno gradivo iz Velletrija (S. Clemente), Campoverde (Latina), Genzana (stipe Pantanacci) in Dianinega svetišča v Nemiju, pa tudi gradivo iz zbirke Ruspoli. V tem krilu je mogoče občudovati tudi muzealiziran del rimskega tlakovca clivus Virbii, ki je vodil iz Ariccie do Dianinega svetišča.
