1905-15 yıllarında yapılan kazılarda, bu erken tarihi doğrulayan 5. yüzyıldan kalma bir kilisenin izleri bulunmuştur. 6. Yüzyılda, abbas eski monasterio de Romeno olan ve muhtemelen Romainmôtier'e gönderme yapan bir başrahip Florianus'un kaydı vardır.
Erken manastır bakıma muhtaç hale geldi ve Dük Chramnelenus tarafından yeniden inşa edildi. Bu yeniden inşa edilen manastır, 642 yılına kadar Aziz Columbanus'un manastır yönetimi altına alındı. 5. yüzyıl kilisesi büyütülmüş ve 7. yüzyılda dikdörtgen bir koro ile ikinci bir kilise inşa edilmiştir. İkinci kilise ilkinin güney tarafında inşa edilmiştir. Papa II. Stephen, 753 yılında Kısa Pepin ile bir toplantı için seyahat ederken manastırı ziyaret etti ve geleneğe göre Aziz Peter ve Paul kiliselerini kutsadı.
9. Yüzyılda Romainmôtier başka bir gerileme dönemi gördü. Rahipler manastırı ele geçirdi. 888'de Burgundy Kralı I. Rudolf manastırı ve topraklarını Burgundy Dükü II. Richard'ın karısı olan kız kardeşi Adelheid'e verdi.14 Haziran 928/929'da Adelaide manastırı ve topraklarını Cluny Manastırı'na verdi. Cluny Manastırı'nın altında Romainmôtier Manastırı üçüncü altın çağını yaşadı.
Romainmôtier'de bir kereden fazla ikamet eden Cluny Başrahibi Odilo, mevcut kiliseyi 10. yüzyılın sonunda yaptırdı. Bu kilise, Cluny Manastırı'nın ikinci kilisesinden sonra modellenmiştir. 12. yüzyılın başlarında, kilise süslü bir narteks ve 13. yüzyılda bir kapı evinin inşasıyla değiştirildi. Son değişiklikler 1445'te kilisede yapıldı.
14. yüzyılda yaşanan mali krizden sonra manastır, 14. yüzyılın sonlarında ve 15. yüzyılın başlarında toparlanarak gücünün zirvesine ulaşmıştır. 15. Yüzyılın ortalarında Savoy hanedanının ve ortaklarının laik ellerine geçti. Manastırın geliri kişisel bir gelir kaynağı haline geldi ve manastır kurallarına daha az ve daha az saygı duyuldu. Protestan Reformu geldiğinde (1536), manastır zaten düşüşteydi. 14. yüzyılda manastırda yaklaşık yirmi keşiş hala yaşıyordu. 16. yüzyılda on ilgiliydi.
Fribourg'un protestolarına rağmen Bern 27 Ocak 1537'de manastırı laikleştirdi. Şimdi Reform hizmeti için kullanılan manastır kilisesi hasar gördü ve yeniden inşa edildi. Prior'un Evi Bernese Vogt için bir kaleye dönüştürüldü ve kalan binalar kiralandı veya satıldı. Daha uzaktaki bazı mülkler Bern tarafından ele geçirilmekten kurtuldu. Bazı rahipler Vaux-et-Chantegrau'ya yerleşti ve Fransız Devrimi sırasında kaldırılan basit bir kırsal manastır yarattı. Manastır binaları 1899-1915 ve yine 1992-2000 yıllarında restore edilmiştir.
Top of the World