Gadā veiktie izrakumi atklāja 5. gadsimta baznīcas pēdas, kas apstiprināja šo agrīno datumu. 6. gadsimtā ir ieraksts par abatu Florianusu, kurš bija abbas ex monasterio de Romeno, kas, iespējams, ir atsauce uz Romainmôtier. Agrīnais klosteris nokrita un to pārbūvēja Hercogs Chramnelenus. Šis pārbūvētais klosteris līdz 642.gadam tika pakļauts Svētā Kolumbana klostera varai. 5. gadsimta baznīca tika paplašināta, un 7.gadsimtā tika uzcelta otrā baznīca ar taisnstūrveida kori. Otrā baznīca tika uzcelta pirmās dienvidu pusē. Pāvests Stefans II apmeklēja klosteri 753. gadā, ceļojot uz tikšanos ar Pepinu īso un saskaņā ar tradīciju iesvētīja Svēto Pētera un Pāvila baznīcas. 9. gadsimtā Romainmôtier redzēja vēl vienu lejupslīdes periodu. Lay abbots pārņēma klosteri. 888. gadā Gelfa karalis Rūdolfs I no Burgundijas piešķīra prioriju un tās zemes savai māsai Adelheidai, Burgundijas hercoga sievai Ričardam II.928. / 929. gada 14. jūnijā Adelaida klosteri un tā zemes nodeva Klūnijas abatijai. Klūnijas abatijas vadībā Romainmôtier Priory piedzīvoja savu trešo zelta laikmetu. Klūnijas abatam Odilo, kurš vairāk nekā vienu reizi dzīvoja Romainmôtier, pašreizējā baznīca tika uzcelta 10.gadsimta beigās. Šī baznīca tika veidota pēc Cluny abatijas otrās baznīcas parauga. 12. gadsimta sākumā baznīca tika modificēta, uzbūvējot greznu narteksu un 13.gadsimtā vārtu namu. Pēdējās izmaiņas baznīcā tika veiktas 1445.gadā. Pēc finanšu krīzes 14. gadsimtā klosteris atveseļojās un sasniedza savas varas augstumu 14.gadsimta beigās un 15. gadsimta sākumā. 15. gadsimta vidū tas nonāca Savojas dinastijas un viņu līdzgaitnieku laicīgajās rokās. Abatijas ienākumi kļuva par personīgo ienākumu avotu, un klostera noteikumi tika arvien mazāk ievēroti. Kad ieradās protestantu reformācija (1536), klosteris jau bija samazinājies. 14. gadsimtā priesterī joprojām dzīvoja apmēram divdesmit mūki. Līdz 16. gadsimtam tas bija apmēram desmit. Neskatoties uz Fribūras protestiem, Berns sekularizēja prioriju 1537.gada 27. janvārī. Priesteru baznīca, kas tagad tika izmantota Reformātu kalpošanai, tika sabojāta un pārbūvēta. Priora māja tika pārveidota par Bernes Vogt pili, un atlikušās ēkas tika īrētas vai pārdotas. Tikai daži no attālākiem īpašumiem izvairījās no Bernes pārņemšanas. Daži mūki apmetās Vaux-et-Chantegrue un izveidoja vienkāršu lauku prioriju, kas tika atcelta Francijas revolūcijas laikā. Priory ēkas tika atjaunotas 1899-1915 un atkal 1992-2000.