Οι ανασκαφές που πραγματοποιήθηκαν το 1905-15 ανακάλυψαν ίχνη εκκλησίας που χρονολογείται από τον 5ο αιώνα, γεγονός που επιβεβαίωσε αυτή την πρώιμη ημερομηνία. Τον 6ο αιώνα, υπάρχει ένα αρχείο ενός ηγουμένου Florianus που ήταν abbas ex monasterio de Romeno, το οποίο είναι πιθανώς μια αναφορά στο Romainmôtier.
Το πρώιμο μοναστήρι έπεσε σε χαλάρωση και ξαναχτίστηκε από τον Δούκα Chramnelenus. Αυτό το ανακατασκευασμένο μοναστήρι τέθηκε υπό τη μοναστική κυριαρχία του Αγίου Κολουμπάνου το 642. Η εκκλησία του 5ου αιώνα διευρύνθηκε και τον 7ο αιώνα χτίστηκε μια δεύτερη εκκλησία με ορθογώνια χορωδία. Η δεύτερη εκκλησία χτίστηκε στη νότια πλευρά της πρώτης. Ο Πάπας Στέφανος Β επισκέφθηκε το μοναστήρι το 753 ενώ ταξίδευε για συνάντηση με τον Πεπίνο τον κοντό και σύμφωνα με την παράδοση αφιέρωσε τις εκκλησίες των Αγίων Πέτρου και Παύλου.
Τον 9ο αιώνα Romainmôtier είδε μια άλλη περίοδο παρακμής. Οι λαϊκοί ηγούμενοι κατέλαβαν το μοναστήρι. Το 888, ο βασιλιάς Guelph Rudolf I της Βουργουνδίας έδωσε το μοναστήρι και τα εδάφη του στην αδελφή του Adelheid, σύζυγο του Δούκα της Βουργουνδίας, Richard II. στις 14 Ιουνίου 928/929, η Αδελαΐδα έδωσε το μοναστήρι και τα εδάφη του στο Cluny Abbey. Κάτω από το Cluny Abbey, το Romainmôtier Priory γνώρισε την τρίτη Χρυσή Εποχή του.
Ο ηγούμενος Odilo του Cluny, ο οποίος κατοικούσε περισσότερες από μία φορές στο Romainmôtier, είχε την σημερινή εκκλησία χτισμένη στα τέλη του 10ου αιώνα. Αυτή η εκκλησία διαμορφώθηκε μετά τη δεύτερη εκκλησία του Cluny Abbey. Στις αρχές του 12ου αιώνα, η εκκλησία τροποποιήθηκε με την κατασκευή ενός περίτεχνου νάρθηκα και τον 13ο αιώνα μιας πύλης. Οι τελευταίες τροποποιήσεις έγιναν στην εκκλησία το 1445.
Μετά από μια οικονομική κρίση τον 14ο αιώνα, το μοναστήρι ανέκαμψε και έφτασε στο ύψος της εξουσίας του στα τέλη του 14ου και στις αρχές του 15ου αιώνα. Στα μέσα του 15ου αιώνα πέρασε στα κοσμικά χέρια της δυναστείας της Σαβοΐας και των συνεργατών τους. Το εισόδημα της μονής έγινε πηγή προσωπικού εισοδήματος και οι μοναστικοί κανόνες ήταν όλο και λιγότερο σεβαστοί. Όταν έφτασε η Προτεσταντική Μεταρρύθμιση (1536), το μοναστήρι ήταν ήδη σε παρακμή. Τον 14ο αιώνα περίπου είκοσι μοναχοί ζούσαν ακόμα στο μοναστήρι. Μέχρι τον 16ο αιώνα ήταν περίπου δέκα.
Παρά τις διαμαρτυρίες του Fribourg, η Βέρνη εκκοσμίκευσε το κοινόβιο στις 27 Ιανουαρίου 1537. Η εκκλησία priory, η οποία χρησιμοποιήθηκε τώρα για αναμορφωμένη υπηρεσία, υπέστη ζημιές και ξαναχτίστηκε. Το σπίτι του προηγούμενου μετατράπηκε σε κάστρο για το Bernese Vogt και τα υπόλοιπα κτίρια ενοικιάστηκαν ή πωλήθηκαν. Μόνο μερικές από τις πιο απομακρυσμένες ιδιότητες διέφυγαν από τη Βέρνη. Μερικοί μοναχοί εγκαταστάθηκαν στο Vaux-et-Chantegrue και δημιούργησαν ένα απλό μοναστήρι της υπαίθρου, το οποίο καταργήθηκε κατά τη διάρκεια της Γαλλικής Επανάστασης. Τα κτίρια του κοινόβιου ανακαινίστηκαν το 1899-1915 και πάλι το 1992-2000.
