Iskopavanja izvedena 1905-15 otkrila su tragove crkve koja datiraju iz 5. vijeka, što je potvrdilo ovaj rani datum. U 6. veku postoji zapis o igumanu Florianu koji je bio abbas ex monasterio de Romeno, što je verovatno referenca na Romainmôtier.
Rani manastir je propao i obnovio ga je vojvoda Chramnelenus. Ovaj obnovljeni manastir postavljen je pod monašku vlast Svetog Kolumbana do 642.godine. Crkva iz 5. veka je proširena i u 7. veku izgrađena je druga crkva sa pravougaonim horom. Druga crkva sagrađena je na južnoj strani prvog. Papa Stephen II posjetio je manastir 753. godine dok je putovao na sastanak sa Pepinom kratkim i prema tradiciji posvetio crkve Svetih Petra i Pavla.
U 9. veku Romainmôtier je video još jedan period pada. Lay abbots je preuzeo manastir. 888. godine burgundijski kralj Rudolf i dao je prioriju i njene zemlje svojoj sestri Adelheidu, supruzi vojvode od Burgundije Richarda II. 14. juna 928/929, Adelaide je manastir i njegove zemlje dala Cluny Abbeyu. Pod Cluny Abbey, Romainmôtier Priory doživjela svoj treći zlatno doba.
Iguman Odilo od Cluny, koji je više puta boravio u Romainmôtieru, izgradio je sadašnju crkvu krajem 10.vijeka. Ova crkva je po uzoru na drugu crkvu Cluny Abbey. Početkom 12.vijeka Crkva je izmijenjena izgradnjom ukrašenog narthexa i u 13. vijeku kapije. Posljednje izmjene izvršene su crkvi 1445.godine.
Nakon finansijske krize u 14.veku, manastir se oporavio i dostigao vrhunac svoje moći krajem 14. i početkom 15. veka. Sredinom 15. vijeka prešao je u sekularne ruke dinastije Savoja i njihovih saradnika. Prihod opatije postao je izvor ličnog dohotka, a monaška pravila bila su sve manje poštovana. Kada je stigla protestantska reformacija (1536), manastir je već bio u padu. U 14. veku u prioriji je još uvek živelo dvadesetak monaha. Do 16. vijeka bilo je oko deset.
Uprkos protestima Fribourga, Bern je sekularizirao Priorat 27. januara 1537.godine. Priorska crkva, koja se sada koristila za Reformiranu službu, oštećena je i obnovljena. Prethodna kuća pretvorena je u dvorac za Bernski Vogt, a preostale zgrade su iznajmljene ili prodate. Samo su neki od udaljenijih imanja pobjegli od Berna. Neki monasi naselili u Vaux-et-Chantegrue i stvorio jednostavan selu priory, koji je ukinut tokom Francuske revolucije. Zgrade priorata obno ljene su 1899-1915 i pono o 1992-2000.
