Pasak vietinio kronikininko Francesco Sergio, čia veikė bazilijonų bendruomenė, vadinama Menna.Vienuolystė, kaip savo knygoje "Uno Scoglio e una Chiesa" ("Uola ir bažnyčia") rašo donas Francesco Pugliese, jau buvo užfiksuota Tropėjos apylinkėse: galbūt ši didelė uola, kadaise buvusi dar didesnė ir apsupta jūros, traukė vienatvės ieškančias kontempliatyvias dvasias. S. Maria de Tropea, cum omnibus pertinentiis suis bažnyčia atsirado "Cassinese abatijos priklausomybių sąraše", sudarytame ant bronzinių durų (be kita ko, nulietų Konstantinopolyje), kurias užsakė Montecassino abatas Desiderio (vėliau popiežius Viktoras III).Todėl, atsižvelgdamas į įvairius išnagrinėtus popiežiaus dokumentus, Pugliese pažymi, kad jei bažnyčia plokštėse atsirado jau XI a., tai ji turėjo būti labai svarbi, kontroliuoti pastebimą turtą ir todėl egzistavo gerokai anksčiau. Tačiau architektūriniai pakeitimai, kuriuos pastatas patyrė dar humanistiniu laikotarpiu, byloja apie ankstyvųjų viduramžių bizantiškus bruožus, kurie patvirtintų kilmę dėl nedidelės bazilijonų vienuolių bendruomenės. Šis buvimas, susijęs su graikų apeigomis, pamažu, bet užtikrintai ėmė nykti po to, kai kitos vietinės valdos ėmė priklausyti kasiniškiesiems benediktinams (pavyzdžiui, nedidelė bažnytėlė netoli dabartinės Kalvarijos, kurią padovanojo kažkoks Bernardo, arba nuosavybė, vadinama Tonnara e Bordila, iš netoliese esančios Parghelijos). Šiam perėjimui, pasak Pugliese's, buvo palankūs "normanų kunigaikščiai Sichelgaita ir jos sūnus Ruggiero Borsa", kaip tik tuo metu, kai Amantėjos vyskupija buvo panaikinta ir prijungta prie Tropėjos vyskupijos. Graikų apeigų bazilijonų vienuolių laikais "celėje" ant uolos buvo Madonos kulto vieta, kuri perėjo kasijiečių vienuoliams. Su šia medine Madona siejama legenda panaši į kitų pietų Italijos šventovių legendas (žr. skyrių "Mitai ir legendos"). Laiptai, vedantys į bažnyčią, buvo įrengti iškasus laiptus uoloje ir baigti statyti XIX a. Iki dabartinio sutvarkymo laiptai, dar nebaigti, buvo pasiekiami rampa, sutampančia su edikule, skirta vietai, kurioje pirmą kartą buvo pastatyta medinė Madonos statula. Netoli šios rampos buvo iškasta nedidelė uolinė bažnytėlė, skirta šventajam Leonardui, kuri kartu su kitomis nedidelėmis vietinių jūreivių iškastomis olomis tapo sandėliais, kuriuose jie laikė žvejybos įrankius. Bažnyčios viduje Pugliese rado viduramžių kapavietes: vieną bažnyčios centre, priskiriamą Mileto magistrui; viena, kurios antkapinis paminklas išlikęs, su ant jo iškalta Ecce homo figūra ir dviem reljefinėmis moterų figūromis; iš trečiosios, bizantinės, išlikę tik fragmentai.Įvairūs perstatymai, kuriuos bažnyčia patyrė per šimtmečius, radikaliai ją pakeitė, ir beveik sunku įžvelgti dvi jos sielas viduje: "netipiška ankstyvųjų viduramžių bizantiškos gavybos konstrukcija su centriniu planu ir trinavė vakarinė bazilika, su polasteriais ir cilindriniu skliautu, ne architektūros meistrų, o skoninga paprastų vietos meistrų kūryba" (F. Pugliese).Paskutiniai pertvarkymai yra neseni, juos lėmė 1783 m. žemės drebėjimas, iki 1810 m. pastatyti laiptai ir 1905 m. žemės drebėjimas. Net iš senovinės medinės Madonos statulos šiandien likęs tik prisiminimas: nežinome viduramžių atvaizdo "S. Maria ad Praesepe". XVIII a. Madonos statula, priklausanti bažnyčioje saugomai Šventosios Šeimos grupei, taip pat buvo perstatyta XX a. šeštajame dešimtmetyje.