Според местния летописец Франческо Серджо тук е съществувала базилианска общност, наречена Менна.Монашеството, както съобщава дон Франческо Пулиезе в книгата си Uno Scoglio e una Chiesa (Една скала и една църква), вече е било засвидетелствано в района около Тропея: може би тази голяма скала, някога още по-голяма и заобиколена от морето, е привличала съзерцателни духове, търсещи уединение. Църквата S. Maria de Tropea, cum omnibus pertinentiis suis се появява "в списъка на зависимостите на абатството Касине", съставен върху панелите на бронзовата врата (отлята в Константинопол, наред с други места) по поръчка на абата на Монтекасино Дезидерио (по-късно папа Виктор III).Ето защо по отношение на различните проучени папски документи Пуглиезе отбелязва, че ако църквата се появява в панелите още през XI в., то тя трябва да е била от значителна важност, да е контролирала забележими активи и следователно да е съществувала много преди това. Архитектурните промени, които сградата е претърпяла още през хуманистичния период, обаче загатват за ранносредновековни византийски черти, което би потвърдило произхода, дължащ се на малката базилианска монашеска общност. Това присъствие, свързано с гръцкия обред, бавно, но сигурно започва да затихва, след като други местни имоти започват да преминават в собственост на касинските бенедиктинци (като например малка църква близо до сегашната Голгота, дарена от някой си Бернардо, или имот, наречен Tonnara e Bordila от близката Паргелия). Според Пулиезе този преход е бил благоприятстван от "нормандските херцози Сичелгаита и нейния син Руджеро Борса", точно когато епархията на Амантеа е била закрита, за да бъде включена в тази на Тропеа. В "килията" на скалата по времето на монасите василиани от гръцки обред се е намирал култът към една мадона, който преминал към монасите касинезийци. Легендата, свързана с тази дървена мадона, е подобна на тази за други светилища в Южна Италия (вж. раздела "Митове и легенди"). Стъпалата, водещи към църквата, са изградени чрез вкопаване на стъпала в скалата и са завършени през XIX в. Преди сегашната уредба до стълбището, което все още не е завършено, се е стигало по рампа, съвпадаща с едекулата, посветена на мястото, където за първи път е била поставена дървената статуя на Мадоната. Близо до тази рампа е била разкопана малка скална църква, посветена на свети Леонард, която заедно с други малки пещери, изкопани от местните моряци, се превърнала в складове, където те съхранявали риболовни принадлежности. Във вътрешността на църквата Пулиезе открива средновековни гробници: една в центъра на църквата, приписвана на Майстора от Милет; една, от чиято надгробна плоча е останала фигурата Ecce homo и две женски фигури, издълбани в релеф; от третата, византийска, са останали само фрагменти.Различните преустройства, които църквата претърпява през вековете, я преобразяват радикално и е почти трудно да се зърнат двете ѝ души отвътре: "нетипична ранносредновековна постройка от византийски добив с централен план и трикорабна западна базилика, с полюлеи и бъчвовиден свод, израз не на майстори на архитектурата, а на вкусно творение на прости местни занаятчии" (Ф. Пуглиезе).Последните преустройства са скорошни и се дължат на земетресението от 1783 г., построяването на стълбището преди 1810 г. и земетресението от 1905 г. Дори от древната дървена статуя на Мадоната днес е останал само спомен: не познаваме средновековното изображение на "S. Maria ad Praesepe". Статуята на Мадоната от XVIII в., която е част от групата на Светото семейство, съхранявана в църквата, също е преустроена през 50-те години на XX в.
