Biserica a avut o istorie tumultoasă. În 512 D. HR., Saint Germain, care va deveni ulterior episcop de Paris, l-a convins pe regele Merovingian Childebert să construiască o mănăstire cu o biserică. Biserica, care deținea relicve importante, a fost dedicată Sfântului Vincent și Sfintei Cruci. A fost una dintre cele mai importante biserici din Franța și ultimul loc de odihnă al regilor merovingieni. Acoperișul său a fost pictat în aur, ceea ce a dus la numele de Saint-Germain-le-dor (aurit Saint Germain). În secolul al IX-lea, biserica a fost jefuită de mai multe ori de vikingi și în cele din urmă distrusă de foc. În jurul anului 1000 a început reconstrucția bisericii și a fost în cele din urmă dedicată în 1163. În Evul Mediu târziu au fost ridicate o serie de clădiri suplimentare la complexul abației Benedictine, care a devenit unul dintre cele mai mari și mai importante din toată Franța.
În timpul Revoluției Franceze ordinele religioase au fost suprimate și abația a fost folosită ca depozit. O explozie mare de praf de pușcă care a fost depozitată în refectoriu a distrus aproape tot complexul și a deteriorat grav Biserica.
Biserica astăzi Aspectul actual al bisericii este rezultatul unei renovări din secolul al XIX-lea, când arhitectul Victor Baltard și pictorul Jean-Hippolyte Flandrin au fost rugați să readucă biserica la splendoarea sa de odinioară.
Exteriorul bisericii este definit de clopotnița sa robustă, una dintre cele mai vechi din toată Franța. Încă două turnuri construite de ambele părți ale transeptului nu au supraviețuit erei Revoluției. Interiorul prezintă un amestec de stiluri arhitecturale diferite, rezultat al continuării construcției de-a lungul secolelor. Stâlpii originali din secolul al VI-lea susțin corul din secolul al XII-lea; arcurile romanice sunt combinate cu bolta gotică și există chiar elemente baroce. Există mai multe morminte interesante în capelele Bisericii, inclusiv cele ale filosofului Renaux Descartes și Ioan al II-lea Casimir Vasa, care a fost rege al Poloniei în secolul al XVII-lea până când a devenit stareț al abației Saint-Germain-des-PR.
Cartierul Saint-Germain-des-PR Biserica și-a dat numele cartierului Saint-Germain-des-PR, O zonă plină de viață din districtul al șaselea, care și-a câștigat reputația de cartier literar în secolul al XX-lea, când scriitori, intelectuali și filozofi s-au întâlnit la unul dintre numeroasele sale caf-uri. Filosoful Jean Paul Sartre și Simone De Beauvoir s-au întâlnit adesea la Cafa de Flore, iar Ernest Hemingway a fost un oaspete frecvent la Les Deux Magots.