La chiesa ha avuto una storia tumultuosa. Nel 512 d.C. Saint Germain, che sarebbe poi diventato vescovo di Parigi, convinse il re merovingio Childebert a costruire un'abbazia con una chiesa. La chiesa, che conteneva importanti reliquie, era dedicata a San Vincenzo e alla Santa Croce. Era una delle chiese più importanti di Francia e l'ultima dimora dei re merovingi. Il suo tetto era dipinto d'oro, il che ha portato al nome di 'Saint-Germain-le-Doré' (Saint Germain dorato). Nel IX secolo, la chiesa fu saccheggiata più volte dai Vichinghi e infine distrutta da un incendio. Intorno all'anno 1000 iniziò la ricostruzione della chiesa, che fu infine dedicata nel 1163. Durante il tardo Medioevo furono costruiti altri edifici nel complesso dell'abbazia benedettina, che divenne uno dei più grandi e importanti di tutta la Francia.
Durante la rivoluzione francese gli ordini religiosi furono soppressi e l'abbazia fu usata come magazzino. Una grande esplosione di polvere da sparo che era conservata nel refettorio distrusse quasi tutto il complesso e danneggiò gravemente la chiesa.
La chiesa oggi L'aspetto attuale della chiesa è il risultato di una ristrutturazione nel XIX secolo, quando l'architetto Victor Baltard e il pittore Jean-Hippolyte Flandrin furono incaricati di riportare la chiesa al suo antico splendore.
L'esterno della chiesa è definito dal suo robusto campanile, uno dei più antichi di tutta la Francia. Altre due torri costruite ai lati del transetto non sono sopravvissute all'epoca della rivoluzione. L'interno mostra una miscela di diversi stili architettonici, un risultato della continua costruzione nel corso dei secoli. Pilastri originali del VI secolo sostengono il coro del XII secolo; archi romanici sono combinati con volte gotiche, e ci sono anche elementi barocchi. Ci sono diverse tombe interessanti nelle cappelle della chiesa, tra cui quelle del filosofo René Descartes e di Giovanni II Casimir Vasa, che fu re di Polonia nel XVII secolo fino a diventare abate dell'Abbazia di Saint-Germain-des-Prés.
Quartiere di Saint-Germain-des-Prés La chiesa ha dato il nome al quartiere di Saint-Germain-des-Prés, una zona vivace del sesto distretto che ha guadagnato la sua reputazione di quartiere letterario nel ventesimo secolo quando scrittori, intellettuali e filosofi si incontravano in uno dei suoi numerosi caffè. Il filosofo Jean Paul Sartre e Simone de Beauvoir si incontravano spesso al 'Café de Flore' ed Ernest Hemingway era un ospite frequente di 'Les Deux Magots'.
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