Baznīca ir bijusi juceklīgs vēsturi. Mūsu ēras 512. gadā Senžermēns, kurš vēlāk kļūs par Parīzes bīskapu, pārliecināja Merovingian karali Childebert uzcelt abatiju ar baznīcu. Baznīca, kurā bija svarīgas relikvijas, bija veltīta Sentvinsentam un Svētajam krustam. Tā bija viena no vissvarīgākajām baznīcām Francijā un Merovingian karaļu pēdējā atpūtas vieta. Tās jumts bija krāsots ar zeltu, kas noveda pie nosaukuma "Saint-Germain-le-Doré" (apzeltīts Saint Germain). Devītajā gadsimtā vikingi vairākas reizes izlaupīja baznīcu un galu galā iznīcināja uguns. Ap 1000. gadu sākās baznīcas rekonstrukcija, un tā galu galā tika veltīta 1163.gadā. Vēlajos viduslaikos benediktīniešu abatijas kompleksā tika uzceltas vairākas papildu ēkas, kas izauga par vienu no lielākajām un vissvarīgākajām visā Francijā.
Francijas revolūcijas laikā reliģiskie ordeņi tika apspiesti, un abatija tika izmantota kā noliktava. Liels ieroču pulvera sprādziens, kas tika glabāts ēdnīcā, iznīcināja gandrīz visu kompleksu un nopietni sabojāja baznīcu.
Baznīca šodien Baznīcas pašreizējais izskats ir renovācijas rezultāts deviņpadsmitajā gadsimtā, kad arhitekts Viktors Baltards un gleznotājs Žans Hipolīts Flandrins tika lūgts atjaunot baznīcu tās bijušajā krāšņumā.
Baznīcas ārpusi nosaka tās izturīgais zvanu tornis, kas ir viens no vecākajiem visā Francijā. Vēl divi torņi, kas uzcelti abās transepta pusēs, nepārdzīvoja revolūcijas laikmetu. Interjers parāda dažādu arhitektūras stilu sajaukumu, kas ir rezultāts būvniecības turpināšanai gadsimtu gaitā. Oriģinālie sestā gadsimta pīlāri atbalsta divpadsmitā gadsimta kori; romānikas arkas ir apvienotas ar gotikas velvēm, un ir pat Baroka elementi. Baznīcas kapelās ir vairākas interesantas kapenes, tostarp filozofa Renē Dekarta un Jāņa II Kazimira Vasa kapenes, kas septiņpadsmitajā gadsimtā bija Polijas karalis, līdz kļuva par Senžermēnas-des-Prē abatiju.
Saint-Germain-des-Prés kvartāls Baznīca deva savu nosaukumu Saint-Germain-des-Prés ceturtdaļai, dzīvīgai teritorijai sestajā rajonā, kas savu literārā rajona reputāciju ieguva divdesmitajā gadsimtā, kad rakstnieki, intelektuāļi un filozofi tikās vienā no daudzajām kafejnīcām. Filozofs Žans Pols Sartrs un Simone de Beauvoir bieži tikās "Café de Flore", un Ernests Hemingvejs bija biežs viesis "Les Deux Magots".
