La iglesia ha tenido una historia tumultuosa. En el año 512, San Germán, que más tarde sería obispo de París, convenció al rey merovingio Childeberto para que construyera una abadía con una iglesia. La iglesia, que albergaba importantes reliquias, estaba dedicada a San Vicente y a la Santa Cruz. Era una de las iglesias más importantes de Francia y el lugar de descanso final de los reyes merovingios. Su techo estaba pintado de oro, lo que dio lugar al nombre de "Saint-Germain-le-Doré" (San Germán dorado). En el siglo IX, la iglesia fue saqueada varias veces por los vikingos y finalmente destruida por un incendio. Hacia el año 1000 se inició la reconstrucción de la iglesia, que finalmente fue dedicada en 1163. Durante la Baja Edad Media se construyeron varios edificios adicionales en el complejo de la abadía benedictina, que se convirtió en uno de los más grandes e importantes de toda Francia.
Durante la Revolución Francesa, las órdenes religiosas fueron suprimidas y la abadía fue utilizada como almacén. Una gran explosión de pólvora que se almacenaba en el refectorio destruyó casi todo el complejo y dañó gravemente la iglesia.
La iglesia en la actualidad El aspecto actual de la iglesia es el resultado de una renovación realizada en el siglo XIX, cuando se pidió al arquitecto Victor Baltard y al pintor Jean-Hippolyte Flandrin que devolvieran a la iglesia su antiguo esplendor.
El exterior de la iglesia se define por su robusto campanario, uno de los más antiguos de toda Francia. Otras dos torres construidas a ambos lados del crucero no sobrevivieron a la época de la revolución. El interior muestra una mezcla de diferentes estilos arquitectónicos, resultado de las continuas construcciones a lo largo de los siglos. Pilares originales del siglo VI sostienen el coro del siglo XII; los arcos románicos se combinan con bóvedas góticas, e incluso hay elementos barrocos. En las capillas de la iglesia hay varias tumbas interesantes, entre ellas las del filósofo René Descartes y la de Juan II Casimir Vasa, que fue rey de Polonia en el siglo XVII hasta que se convirtió en abad de la abadía de Saint-Germain-des-Prés.
El barrio de Saint-Germain-des-Prés La iglesia dio nombre al barrio de Saint-Germain-des-Prés, una animada zona del sexto distrito que adquirió fama de barrio literario en el siglo XX, cuando escritores, intelectuales y filósofos se reunían en alguno de sus numerosos cafés. El filósofo Jean Paul Sartre y Simone de Beauvoir se reunían a menudo en el "Café de Flore" y Ernest Hemingway era un invitado frecuente en "Les Deux Magots".
