Iskapanja provedena 1905-15 otkrila su tragove crkve koja datira iz 5.stoljeća, što je potvrdilo ovaj rani datum. U 6. stoljeću postoji zapis o opatu Florianu, koji je bio opat iz samostana Romeno, što je vjerojatno referenca na Romenmotiera.
Rani samostan je propao, a obnovio ga je vojvoda Chramnelen. Ovaj obnovljeni samostan stavljen je pod samostansku vlast Svetog Kolumbana 642.godine. Crkva iz 5.stoljeća proširena je, a u 7. stoljeću sagrađena je druga crkva s pravokutnim zborom. Druga crkva sagrađena je na južnoj strani prve. Papa Stjepan NOINIS posjetio je samostan 753.godine na putovanju u susret pipinu kratkom i, prema tradiciji, posvetio crkve svetih Petra i Pavla.
U 9. stoljeću Romenmotier je doživio još jedno razdoblje propadanja. Laički opati preuzeli su samostan. 888.godine kralj guelpha Rudolf od Bourguinisa prenio je Priorat i njegove zemlje svojoj sestri Adelheidi, supruzi vojvode od Burgundije Richarda Sosina. Adelaide je 14.lipnja 928/929. Pod Opatijom Cluni, samostan Romenmotier doživio je svoje treće zlatno doba.
Opat Odilo iz Clunija, koji je više puta boravio u Romenmotieru, sagradio je današnju crkvu krajem 10.stoljeća. Ova je crkva po uzoru na drugu crkvu Opatije Clunee. Početkom 12.stoljeća crkva je modificirana izgradnjom okićenog trijema, a u 13. stoljeću kapije na vratima. Posljednje promjene izvršene su u crkvi 1445.
Nakon financijske krize u 14.stoljeću, samostan se oporavio i dostigao vrhunac svoje moći krajem 14. i početkom 15. stoljeća. Sredinom 15.stoljeća prešao je u svjetovne ruke Savojske dinastije i njihovih suradnika. Prihod Opatije postao je izvor osobnog dohotka, a monaška pravila provodila su se sve manje i manje. Kad je došla protestantska reformacija (1536.), samostan je već bio u padu. U 14.stoljeću u samostanu je još uvijek živjelo dvadesetak redovnika. Do 16.stoljeća bilo ih je desetak.
Unatoč Freeburgovim prosvjedima, Bern je sekularizirao samostan 27.siječnja 1537. Samostanska crkva, koja se sada koristila za reformiranu službu, oštećena je i obnovljena. Kuća prior pretvorena je u dvorac za Bernskog vogta, a ostale su zgrade iznajmljene ili prodane. Samo je nekoliko udaljenijih posjeda izbjeglo zauzimanje Berna. Nekoliko redovnika nastanilo se u Vaud-i-Chantegruu i stvorilo jednostavan seoski samostan koji je ukinut tijekom Francuske revolucije. Samostanske zgrade obnovljene su 1899-1915 i ponovno 1992-2000.
