See mitte nii turistlik Basilica San Clemente al Laterano jutustab Rooma ajalugu kiriku erinevate kihtide põhjal. Praegune kirik "San Clemente", mis on pühendatud paavst Clemens I-le, ehitati 12. sajandil 4. sajandi kiriku peale. Selle alt on leitud veel palju Rooma-aegseid vundamente. Praegune basiilika on üks paljudest Roomas ja mitte teie külastuse peamine põhjus, kuid 20 meetrit selle kiriku alt on leitud Rooma majade (500-27 eKr) jäänuseid. Arvatakse, et majad hävitati keiser Nero valitsemise ajal suures tulekahjus ja neid kasutati hiljem vundamentidena.
Nende vundamentide pealt leiti veel üks suur maja, mis oli ehitatud 1. sajandil. See maja oli tollal paavst Clemensi salakirikuks, sest usuvabadust veel ei olnud.
Kui 4. sajandil anti usuvabadus, ehitati salakiriku kohale basiilika. Kirik oli pühendatud Püha Klementi, Peetruse kolmanda paavsti järeltulija, hauale. Selle basiilika teeb ainulaadseks see, kui rikkalikult seda kaunistasid maalijad ja skulptorid.
1084. aastal hävis suur osa kirikust viikingite rüüsteretkedel, mille järel paavst Paavst Paschal lasi 12. sajandil vana kiriku peale ehitada uue kiriku. Tugeva vundamendi loomiseks müüriti ja täideti osa vanast kirikust.
Alates 1862. aastast on tehtud palju kaevamisi, et paljastada alumise kiriku iidseid struktuure, mosaiike ja freskosid. Kirikut külastades teete teekonna läbi selle ajaloo eri kihtide.