Kostol a kláštor San Damiano sa nachádzajú neďaleko centra mesta Assisi. Komplex bol pôvodne benediktínskym priorstvom, ktorého záznamy sa datujú do roku 1030.
Do kostola sa dostanete cez kaplnku: vpravo nájdete Madonu s dieťaťom so Ss. František, Klára, Bernardino a Jerome, freska miestneho maliara z polovice štrnásteho storočia.
Kostol má jednu loď s ogiválnymi valenými klenbami a hlbokým chórom. Hneď napravo od vchodu je okno, z ktorého svätý František hodil peniaze, ktoré odmietol kňaz San Damiano na obnovu kostola. Pozdĺž stien môžete vidieť zvyšky omietky, ohraničené polychrómovanými rámami, pripravené na fresky, ktoré neboli nikdy vyrobené. V kaplnke, ktorá bola pridaná v roku 1535, je drevený kríž (výraz Kristovej tváre sa mení v závislosti od výhodného bodu), vyrezaný Fra Innocenzo da Palermo v roku 1637. Pri hlavnom oltári je kópia kríža, ktorý hovoril so svätým Františkom (originál je uložený v Bazilike Santa Chiara). Drevený chór z roku 1504 čiastočne zakrýva malé okno, cez ktoré komunikovali Klarisky a pred ktorým bolo telo svätého Františka prenesené z Porziunkoly do Assisi.
Vstupom do predsiene vpravo, pod ktorou boli pochovaní štyria spoločníci svätej Kláry, sa dostanete k sakristii. Vľavo je jednoduchý zbor, kde nájdete aj pult svätej Kláry. Pri oltári je ukrižovanie, freska od Pier Antonio Mezzastris z roku 1482. Vľavo môžete vidieť malú komoru, kde sa podľa tradície František uchýlil pred svojím otcom.
Po návrate do predsiene vystúpite na niekoľko schodov a vpravo prejdete cez Giardinetto di Santa Chiara (Záhrada Saint Clare), malú terasu s výhľadom na rovinu dole.
Namiesto toho, keď idete dole do kláštora, môžete obdivovať na dvoch rohových stenách fresky od Eusebia da San Giorgia (1507), svätého Františka prijímajúceho stigmy a Zvestovanie. Potom sa dostanete do obdĺžnikového refektára s nízkymi stropmi, podobne ako krypta, s pôvodnými lavicami a stolmi: kríž a váza s kvetmi označujú miesto, ktoré kedysi obsadila Svätá Klára.
