Cerkev in samostan San Damiano sta tik pred središčem Assisija. Kompleks je bil prvotno benediktinski samostan, katerega zapisi segajo v leto 1030.
Do cerkve pridete skozi kapelo: na desni boste našli Madono in otroka s Ss. Francis, Clare, Bernardino in Jerome, freska lokalnega slikarja iz sredine štirinajstega stoletja.
Cerkev ima eno ladjo z ogivalnimi cevnimi oboki in globokim korom. Takoj desno od vhoda je okno, s katerega je Sveti Frančišek vrgel denar, ki ga je duhovnik San Damiana zavrnil za obnovo cerkve. Ob stenah lahko vidite ostanke ometov, obrobljenih s polikromnimi okvirji, pripravljenih za freske, ki niso bile nikoli narejene. V kapeli, ki je bila dodana leta 1535, je leseno razpelo (izraz Kristusovega obraza se spreminja glede na razgledno točko), ki ga je leta 1637 izklesal fra Innocenzo da Palermo. Na glavnem oltarju je kopija razpela, ki je govoril s Svetim Frančiškom (izvirnik se hrani v baziliki Santa Chiara). Leseni kor iz leta 1504 delno pokriva majhno okno, skozi katerega so komunicirale Klarise in pred katerim je bilo telo svetega Frančiška preneseno iz Porziuncole v Assisi.
Ko vstopite v preddverje na desni, pod katerim so bili pokopani štirje spremljevalci Svete klare, pridete do zakristije. Levo je preprost zbor, kjer boste našli tudi govornico Svete klare. Na oltarju je križanje, freska Pier Antonio Mezzastris iz leta 1482. Na levi strani lahko vidite majhno komoro, kjer se je, kot navaja tradicija, Frančišek zatekel pred očetom.
Če se vrnete v preddverje, se povzpnete po nekaj stopnicah, desno pa skozi Giardinetto di Santa Chiara (vrt Svete klare), majhno teraso s pogledom na ravnino spodaj.
Namesto tega, ko se spustite v samostan, lahko občudujete na dveh vogalnih stenah, freske Eusebia da San Giorgia (1507), svetega Frančiška, ki je prejel stigme in Oznanjenje. Nato pridete do pravokotne jedilnice z nizkimi stropi, podobnimi kripti, s prvotnimi klopmi in mizami: križ in vaza z rožami označujeta kraj, ki ga je nekoč zasedla Sveta Klara.
