Znany ze swoich działań konserwatorskich, San Diego Zoo utrzymuje kilka zagrożonych gatunków eksponatów i współpracuje z grupami konserwatorskimi na całym świecie, aby zachęcić do ochrony zagrożonej przyrody. Ogromny Rezerwat ma wędrujące malownicze chodniki i opowiadane wycieczki autobusowe. "Małpi szlak" w sercu zoo obejmuje azjatyckie i afrykańskie lasy z ponad 30 gatunkami egzotycznych ptaków, ssaków, gadów i płazów. W "Tiger River" mgliste szlaki wiją się wśród wodospadów w tropikalnym lesie ponad 5000 gatunków egzotycznych roślin i tygrysów, birmańskich pytonów i malezyjskich tapirów. Najbardziej popularnym eksponatem jest Pacific Bell Giant Panda Research Station, gdzie urodziło się kilka zagrożonych pandas. Małe pandy są wielkim hitem, a długie linie często tworzą się na obudowie. W zoo odbywa się kilka imprez "po zmroku", w tym występy muzyczne na żywo i bliskie spotkania ze zwierzętami.
