San Gimignano muuseum asub iidses Santa Chiara kloostris, mida varem kasutati heade perede noorte daamide talveaiana ja hiljem keskkoolina. Kompleks läbis 1980.–1990. aastatel restaureerimistööd, muutes selle suurt huvi pakkuvaks messikeskuseks. Muuseumi sees on mitu osa, sealhulgas arheoloogiamuuseum, Santa Fina Spezieria ja "Raffaele De Grada" kaasaegse ja kaasaegse kunsti galerii.San Gimignano arheoloogiamuuseumis on olulised tunnistused, mis räägivad San Gimignano kõige iidsemast ajaloost, alates arhailisest etruski ajastust kuni kaheksateistkümnenda sajandini. Näitus on jagatud kaheks osaks: üks on pühendatud etruski ja rooma kunstile, piirkonna asulate ja nekropolide leiud pärinevad 7.–1. sajandist eKr; teine osa on pühendatud käsitöönduslikule tootmistegevusele, nagu klaas ja keraamika, mis olid linnas keskajal.Spezieria di Santa Fina on lisatud samanimelise haigla juurde, mis asutati 13. sajandi keskel. Näitusel on esitletud linna iidsetest tervishoiuasutustest pärit sisustus ja sisustus. Paigutus taasloob Toscana ühe vanima apteegi keskkonna ja algupärased aroomid. Tooted olid kvaliteetsetes keraamilistes ja klaasanumates, mis pärinevad 15.–18. sajandist. Näituse teekond jälgib ravimite ajalugu ja apteekri tööga seotud tegevusi. Samuti on eksponeeritud mitmed iidsed ravimid, näiteks skorpioniõli ja ravimite valmistamisel kasutatud komponendid.Moodsa ja kaasaegse kunsti galerii "Raffaele De Grada" on oma nime saanud tuntud Milano maalikunstniku Raffaele De Grada järgi. Kunstnik valis San Gimignano oma koduks pärast Euroopas reisimist. Galeriis on eksponeeritud palju De Grada ja teiste 19. ja 20. sajandi kunstnike töid. Püsikogu sisaldab Toscana 19. sajandi ja 20. sajandi töid. Samuti on kaks monograafilist tuba, mis on pühendatud Niccolò Canniccile ja Raffaele De Gradale, samuti Giannetto Fieschi teostele. Samuti rikastavad galeriid Itaalia maalid 1930. aastatest kuni 1980. aastateni Pacchiani kollektsioonist.Kaasaegse ja kaasaegse kunsti galerii esindab San Gimignano kõige olulisemat näitusepinda, kus korraldatakse sageli 19., 20. ja kaasaegsele kunstile pühendatud ajutisi näitusi.