Baznīca ir vairāku arhitektonisku struktūru pievienošanas rezultāts: fasādes dubultās kāpnes slēpj ieeju uz zem tās esošo Karbonāras mierinājuma baznīcu; centrālais portāls ved uz Sv.Monikas kapelu, bet kreisais - uz Sv.Jāņa baznīcas sānu ieeju.Tā ir viena no bagātākajām baznīcām pilsētā.Skaistā baznīca tika uzcelta, pateicoties muižniekam Gualtiero Galeotam, kurš laikā no 1339. līdz 1343. gadam uzdāvināja tēviem augustīniešiem zemi ārpus pilsētas mūriem, sauktu par "ad carbonetum", ļaujot viņiem dibināt klosteri un baznīcu (Via Carbonara joprojām tiek tā dēvēta, jo viduslaikos tā bija vieta atkritumu savākšanai ārpus pilsētas mūra).Kad Neapolē ieradās karalis Ladislavs no Durazzo, sākās pilnīga baznīcas pārbūve, kas pēc būtības ieguva tagadējo izskatu, izņemot dažus pārveidojumus un papildinājumus nākamajos gadsimtos. Par baznīcas nozīmīgumu liecina tās svarīgā ieeja: uz baznīcu ved monumentālas kāpnes, ko 18. gadsimtā uzbūvēja Ferdinando Sanfelice, kurš izveidoja dubultas kāpnes, lai atrisinātu problēmu, ko radīja augstuma atšķirības starp ielu un dažādām ieejām ēkās, kas veidoja sarežģīto arhitektonisko struktūru.Visam kompleksam pieder vēl divas dievnamu ēkas, kas ir Santa Monikas baznīca un Karbonāras mierinājuma baznīca; netālu atrodas vēl viena baznīca - Karbonāras Pietatella baznīca. Monumentālās San Giovanni a Carbonara baznīcas, kas celta taisnstūra plānojumā, iekšpusē atrodas karaļa Ladislava mauzolejs, kas celts laikā no 1414. līdz 1428. gadam un bagātīgi rotāts ar alegoriskām figūrām.Aiz pieminekļa atrodas Caracciolo del Sole kapela ar pieminekli Sergianni Caracciolo, lielajam siniskalko un karalienes Džovannas mīļotājam. Citas kapelas, piemēram, Miroballo, Somma un Caracciolo di Vico dzimtas kapelas, ir bagātas ar statujām un nozīmīgiem kapu pieminekļiem. Uz sienām ir Džoto skolas freskas, kurās attēlotas klostera dzīves un Jaunavas Marijas dzimšanas ainas. Presbiterijas labajā pusē atrodas Caracciolo di Vico kapela, sakristija, Madonna delle Grazie altāris un Miroballo apbedījuma piemineklis.Baznīcā atradās arī sešpadsmit Džordžo Vasari darbi, kas radīti baznīcas sakristejā. Paneļu gleznojumus 1545. gadā pasūtīja augustīniešu ordenis, un Vasari tos īstenoja 1546. gadā, sadarbojoties ar Kristofano Gherardi (Cristofano Gherardi), kas bija viens no viņa talantīgākajiem līdzstrādniekiem. Tās bija 16 gleznas uz paneļa, kas rotāja sakristijas skapīšu durvis, attēlojot Vecās Derības stāstus un epizodes no Jāņa Kristītāja dzīves. Skaistie darbi tika rūpīgi restaurēti un tika izstādīti arī Kapodimonte.
