Bažnyčia yra kelių architektūrinių struktūrų prijungimo rezultatas: dvigubi laiptai fasade slepia įėjimą į pagrindinę Karbonarų paguodos bažnyčią; centrinis portalas veda į šventosios Monikos koplyčią, o kairėje esantis - į šoninį įėjimą į šv.Tai viena turtingiausių miesto bažnyčių.Gražioji bažnyčia pastatyta dėka didiko Gualtiero Galeotos, kuris 1339-1343 m. už miesto sienų esančią žemę, vadinamą "ad carbonetum", padovanojo tėvams augustinijonams ir leido jiems įkurti vienuolyną bei bažnyčią (Via Carbonara iki šiol taip vadinama todėl, kad viduramžiais už miesto sienų buvo šiukšlių surinkimo vieta).Į Neapolį atvykus karaliui Ladislovui iš Durazzo, pradėta visiškai perstatyti bažnyčią, kuri iš esmės įgavo dabartinę išvaizdą, išskyrus kai kuriuos pakeitimus ir papildymus vėlesniais šimtmečiais. Svarbus įėjimas leidžia suprasti bažnyčios svarbą: į ją patenkama monumentaliais laiptais, kuriuos XVIII a. pastatė Ferdinando Sanfelice, sukūręs dvigubą laiptų pakopą, kad išspręstų problemą, susijusią su aukščio skirtumais tarp gatvės ir įvairių įėjimų į pastatus, sudarančius sudėtingą architektūrinę struktūrą.Visam kompleksui priklauso dar du kulto pastatai - Santa Monikos bažnyčia ir Karbonarų paguodos bažnyčia; netoliese yra dar viena bažnyčia - Karbonarų Pietatelos bažnyčia. Stačiakampio plano monumentalios San Giovanni a Carbonara bažnyčios viduje stovi karaliaus Ladislovo mauzoliejus, pastatytas 1414-1428 m. ir gausiai dekoruotas alegorinėmis figūromis.Už paminklo yra Caracciolo del Sole koplyčia su paminklu Sergianni Caracciolo, didžiajam sinedriokui ir karalienės Giovannos meilužiui. Kitose koplyčiose, pavyzdžiui, Miroballo, Somma ir Caracciolo di Vico šeimų koplyčiose, gausu statulų ir svarbių antkapinių paminklų. Ant sienų kabo Giotto mokyklos freskos, vaizduojančios vienuolių gyvenimo ir Mergelės gimimo scenas. Dešinėje presbiterijos pusėje yra Caracciolo di Vico koplyčia, zakristija, Madonna delle Grazie altorius ir Miroballo antkapinis paminklas.Bažnyčioje taip pat buvo šešiolika Giorgio Vasari darbų, sukurtų bažnyčios zakristijai. Tapybos plokštes 1545 m. užsakė Augustinų ordinas, o Vasaris jas įgyvendino 1546 m., bendradarbiaudamas su vienu talentingiausių savo bendradarbių Kristofanu Gherardžiu (Cristofano Gherardi). Tai buvo 16 paveikslų ant plokštės, papuošusių zakristijos spintų dureles, vaizduojančių Senojo Testamento istorijas ir epizodus iš Jono Krikštytojo gyvenimo. Gražūs darbai buvo kruopščiai restauruoti ir taip pat eksponuoti Kapodimontėje.
