A templom több építészeti struktúra összeépítésének eredménye: a homlokzaton lévő kettős lépcsőház a Carbonara-i Vigasztalás templomának bejáratát rejti; a középső portál a Szent Mónika-kápolnához, a bal oldali a Szent János-templom oldalbejáratához vezet.Ez a város egyik leggazdagabb temploma.A gyönyörű templom egy nemesembernek, Gualtiero Galeotának köszönhetően épült, aki 1339 és 1343 között az "ad carbonetum" nevű, a városfalakon kívüli földet adományozta az augustinus atyáknak, lehetővé téve számukra a kolostor és a templom megalapítását (a Via Carbonarát ma is így hívják, mert a középkorban a városfalakon kívül a szemétgyűjtő hely volt).Durazzói Ladislaus király Nápolyba érkezésével megkezdődött a templom teljes átépítése, amely a következő évszázadokban néhány módosítástól és kiegészítéstől eltekintve lényegében a mai formáját vette fel. A templom jelentőségéről a fontos bejárat ad képet: a 18. században Ferdinando Sanfelice által épített monumentális lépcsőházon keresztül lehet feljutni, aki egy dupla lépcsősort hozott létre, hogy megoldja az utca és a komplex építészeti struktúrát alkotó épületek különböző bejáratai közötti magasságkülönbségek problémáját.Az egész komplexumhoz két másik istentiszteleti épület is tartozik, ezek a Santa Monica-templom és a Carbonarai Vigasztalás temploma; a közelben található még egy templom, a Carbonarai Pietatella-templom. A téglalap alaprajzú, monumentális San Giovanni a Carbonara templom belsejében áll Ladislaus király mauzóleuma, amely 1414 és 1428 között épült, és amelyet allegorikus alakokkal gazdagon díszítettek.Az emlékmű mögött található a Caracciolo del Sole kápolna, Sergianni Caracciolo, a nagy siniscalco és Giovanna királyné szeretőjének emlékművével. Más kápolnák, mint például a Miroballo, Somma és Caracciolo di Vico családok kápolnái, szobrokban és fontos síremlékekben gazdagok. A falakon Giotto iskolájának freskói láthatók, amelyek a szerzetesi élet és Szűz Mária születésének jeleneteit ábrázolják. A presbitériumtól jobbra található a Caracciolo di Vico kápolna, a sekrestye, a Madonna delle Grazie oltár és a Miroballo síremlék.A templomban Giorgio Vasari tizenhat műve is megtalálható, amelyeket a templom sekrestyéje számára készített. A táblaképeket 1545-ben rendelte meg az Augustinusok rendje, és Vasari 1546-ban valósította meg, egyik legtehetségesebb munkatársa, Cristofano Gherardi közreműködésével. A 16 táblakép a sekrestye szekrényeinek ajtaját díszítette, amelyek az Ószövetség történeteit és Keresztelő János életének epizódjait ábrázolták. A gyönyörű művek szigorú restauráláson estek át, és Capodimonte-ban is kiállították őket.